一种微生物燃料电池废水处理系统，系统包括铁碳池、阴极室、铁碳还原池、阳极室，所述铁碳池上方设置进水管，所述铁碳池底部设置曝气装置，所述铁碳池内设置多层铁碳填料层，所述铁碳填料层之间设置间隙；所述铁碳池连通所述阴极室，所述阴极室内设置阴极，所述阴极室连通所述铁碳还原池，所述铁碳还原池内设置铁碳填料，在废水处理过程中并向所述铁碳还原池内投加还原剂，所述铁碳还原池连通所述阳极室，所述阳极室内设置阳极，所述阳极和所述阴极之间设置负载。

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