比较哺乳动物近源物种完整基因组组装质量的方法和装置
摘要文本
本发明提供了一种比较哺乳动物近源物种完整基因组组装质量的方法和装置，涉及生物技术领域。本发明提供的比较哺乳动物近源物种完整基因组组装质量的方法，基于哺乳动物近源种完整基因组，全基因组比对获得近源种完整基因组(仅染色体)一对一的共线性区块和非共线性区块；分别获得每个完整基因组的片段重复(segment duplication，SD)序列；基于完整基因组SD序列占比、非共线性区块占比及非共线性区块中SD序列占比比较评估哺乳动物近源种完整基因组组装质量。该方法基于哺乳动物完整基因组的整体结构和SD序列对完整基因组组装质量进行评估，提升了完整基因组组装评估的灵敏度和可靠性。 专利查询网
申请人信息
- 申请人:北京诺禾致源科技股份有限公司
- 申请人地址:102200 北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室
- 发明人: 北京诺禾致源科技股份有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 比较哺乳动物近源物种完整基因组组装质量的方法和装置 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311768823.4 |
| 申请日 | 2023/12/21 |
| 公告号 | CN117672354A |
| 公开日 | 2024/3/8 |
| IPC主分类号 | G16B20/00 |
| 权利人 | 北京诺禾致源科技股份有限公司 |
| 发明人 | 田仕林; 黄万龙; 李祥孔; 王强辉; 李玉洁; 李萍 |
| 地址 | 北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室 |
专利主权项内容
1.一种比较哺乳动物近源物种完整基因组组装质量的方法，其特征在于，包括以下步骤：a.获取两个近源哺乳动物的基因组，分别为GenomeA和GenomeB；b.将GenomeA和GenomeB进行比对，分别筛选获得GenomeA和GenomeB的一对一比对的共线性区块和非共线性区块；c.分别获得GenomeA和GenomeB的SD序列；d.分别计算GenomeA和GenomeB中SD序列占比，基于GenomeA和GenomeB中SD序列占比或者基于GenomeA和GenomeB中SD序列总长做GenomeA和GenomeB间SD序列差异性卡方检验分析，结果记为P_value_SD；分别计算GenomeA和GenomeB中非共线性区块序列占比，基于GenomeA和GenomeB中非共线性区块序列占比做GenomeA和GenomeB间非共线性区块序列差异性卡方检验分析，结果记为P_value_NS；分别计算GenomeA和GenomeB中SD序列在非共线性区块占比，分别标记为PercentA和PercentB；若P_value_SD≤0.05且P_value_NS≤0.05且PercentA＞PercentB，则GenomeA的组装质量优于GenomeB；若P_value_SD≤0.05且P_value_NS≤0.05且PercentA＜PercentB，则GenomeB的组装质量优于GenomeA。。关注公众号马 克 数 据 网