重组乳蛋白及包含其的组合物1.相关申请2.本技术要求于2019年4月22日提交的美国临时专利申请系列号62/837,098的优先权，其全部内容通过引用并入本文。发明领域3.本发明总体上涉及重组乳蛋白、包含这样的重组乳蛋白的组合物，以及生产这样的重组乳蛋白和组合物的方法。特别地，本发明涉及具有非天然翻译后修饰的重组乳蛋白。4.发明背景5.乳是普遍的营养来源。它包含优质蛋白、必需矿物质和维生素。此外，乳包含具有有利功能特性的蛋白，其允许生产范围广泛的多种衍生产品(如，酸奶、奶酪、奶油、黄油)并且可用于工业应用(如，生产聚合物、治疗剂、家用产品)。6.人们普遍关注通过畜牧业的常规乳生产对动物福利和环境的影响，以及衍生自畜牧业的污染性产品的潜在危险。此外，乳包含可能导致人类不健康反应但在常规基于动物的生产过程中不易去除或避免的成分(如，乳糖、过敏原、饱和脂肪、胆固醇)。7.这些关注推动了开发乳和乳制品产品的替代物(如，无乳糖、基于植物的和基于坚果的乳/乳制品类食品)。然而，迄今为止，这些努力不足以匹配乳和乳制品产品的风味和营养特征，以及重新形成与天然乳蛋白具有相同或相似功能的蛋白。8.因此，需要具有与天然乳蛋白相同或相似(如果不是更优)属性的蛋白。9.引用并入10.本文提及的所有出版物、专利、专利申请、序列、数据库条目和其他参考文献均通过引用整体并入，其程度与每个单独出版物、专利、专利申请、序列、数据库条目或其他参考文献被明确且单独地指明通过引用并入相同。在有冲突的情况下，以本说明书(包括定义)为准。11.发明概述12.一方面，本文提供了包含非天然翻译后修饰(ptm)的重组乳蛋白。13.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛(bostaurus)β-乳球蛋白的t4、t6、t18、s21、s27、s30、s36、t49、t76、t97、s110、s116、t125、s150、n152和t154的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化。14.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含普通牛β-乳球蛋白的氨基酸残基n152，且在这类氨基酸残基上具有非天然n-糖基化。15.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的t4、t6、t18、s21、s27、s30、s36、t49、t97、s110、s116、t125、s150和t154的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然o-糖基化。16.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的t4、t6、t18、y20、s21、s27、s30、s36、y42、t49、t76、t97、y99、y102、s110、s116、t125、s150和t154的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。17.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的k8、k14、r40、k47、k60、k69、k70、k75、k77、k83、k91、k100、k101、r124、k135、k138、k141和r148的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然甲基化。18.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的c66、c106、c119、c121和c160的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然棕榈酰化。19.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的k8、k14、k47、k60、k69、k70、k75、k77、k83、k91、k100、k101、k135、k138和k141的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然类泛素化(sumoylation)。20.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的c66、c106、c119、c121和c160的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然亚硝基化。21.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的y20、y42、y99和y102的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然酪氨酸硝化。22.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的f151的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基上具有非天然糖基磷脂酰肌醇化(glypiation)。23.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的c160的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基上具有非天然法尼基化(farnesylation)。24.本发明的重组乳蛋白可以是重组β-乳球蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的c160的一个或多个氨基酸残基，并且在这类氨基酸残基上具有非天然香叶酰香叶酰化(geranylgeranylation)。25.本发明的重组乳蛋白可以是重组α-乳白蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛α-乳白蛋白的t4、s22、t29、t30、t33、s34、t38、n44、n45、s47、t48、n56、n57、n66、s69、s70、n71、n74、s76、t86、n102和s112的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化。26.本发明的重组乳蛋白可以是重组α-乳白蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛α-乳白蛋白的t4、y18、s22、t29、t30、t33、s34、y36、t38、s47、t48、y50、s69、s70、s76、t86、y103和s112的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。27.本发明的重组乳蛋白可以是重组κ-酪蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛κ-酪蛋白的s19、s33、s37、n41、n52、n53、s69、s80、n81、s87、t93、t94、s104、n113、t117、t121、n123、t124、s127、t131、s132、t133、t135、s141、t142、t145、s149、s155、n160、t161、t165、s166和t167的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化。28.本发明的重组乳蛋白可以是重组κ-酪蛋白，其包含这样的氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛κ-酪蛋白的s19、y25、y30、s33、y35、s37、y42、y43、y58、y60、y61、s69、s80、s87、t93、t94、s104、t117、t121、t124、s127、t131、s132、t133、t135、s141、t142、t145、s149、s155、t161、t165、s166和t167的一个或多个氨基酸残基，且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。29.另一方面，本文提供了包含乳蛋白组分的乳制品替代物，所述乳蛋白组分由乳清乳蛋白的子集组成，或由酪蛋白乳蛋白的子集组成，或由乳清乳蛋白的子集和酪蛋白乳蛋白的子集的混合物组成，其中乳蛋白组分包含具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白、具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白、和/或具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白，并且其中乳蛋白组分赋予或实质性促成乳制品替代物的至少一种乳制品属性。30.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组β-乳球蛋白。31.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组α-乳白蛋白。32.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组κ-酪蛋白。33.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含上述任一项的重组β-乳球蛋白的混合物，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组β-乳球蛋白组成。34.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组α-乳白蛋白的混合物，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组α-乳白蛋白组成。35.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组κ-酪蛋白的混合物，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组κ-酪蛋白组成。36.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组β-乳球蛋白与天然和/或重组α-乳白蛋白(如例如根据上述任一项的重组α-乳白蛋白)的混合物。37.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组β-乳球蛋白与天然和/或重组κ-酪蛋白(如例如根据上述任一项的重组κ-酪蛋白)的混合物。38.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组α-乳白蛋白与天然和/或重组κ-酪蛋白(如例如根据上述任一项的重组κ-酪蛋白)的混合物。39.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分包含根据上述任一项的重组β-乳球蛋白与天然和/或重组α-乳白蛋白以及天然和/或重组κ-酪蛋白的混合物，其中重组α-乳白蛋白可以是根据上述任一项的重组α-乳白蛋白，并且其中重组κ-酪蛋白可以是根据上述任一项的重组κ-酪蛋白。40.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分还包含一种或多种选自下组的乳蛋白：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。41.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组β-乳球蛋白与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。42.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组α-乳白蛋白与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。43.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组κ-酪蛋白与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。44.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组β-乳球蛋白的混合物与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组β-乳球蛋白组成。45.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组α-乳白蛋白的混合物与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组α-乳白蛋白组成。46.根据以上任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组κ-酪蛋白的混合物与任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白，其中所述混合物由具有一种或多种不同非天然ptm的两种或更多种重组κ-酪蛋白组成。47.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组β-乳球蛋白、天然和/或重组α-乳白蛋白(如例如根据上述任一项的重组α-乳白蛋白)以及任选的一种或多种选自下组的乳蛋白的混合物组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。48.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组β-乳球蛋白、天然和/或重组κ-酪蛋白(如例如根据上述任一项的重组κ-酪蛋白)以及任选的一种或多种选自下组的乳蛋白的混合物组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。49.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由根据上述任一项的重组α-乳白蛋白、天然和/或重组κ-酪蛋白(如例如根据上述任一项的重组κ-酪蛋白)以及任选的一种或多种选自下组的乳蛋白的混合物组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白。50.根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳蛋白组分由天然和/或重组β-乳球蛋白与天然和/或重组α-乳白蛋白和天然和/或重组κ-酪蛋白的混合物，以及任选的一种或多种选自下组的乳蛋白组成：天然和/或重组乳铁蛋白、天然和/或重组转铁蛋白、天然和/或重组血清白蛋白、天然和/或重组乳过氧化物酶、天然和/或重组gmp、天然和/或重组β-酪蛋白、天然和/或重组γ-酪蛋白、天然和/或重组α-s1-酪蛋白和天然和/或重组α-s2-酪蛋白，其中所述混合物包含根据上述任一项的重组β-乳球蛋白、根据上述任一项的重组α-乳白蛋白和根据上述任一项的重组κ-酪蛋白的至少一种(如，一种、两种、全部)。51.根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组β-乳球蛋白与牛β-乳球蛋白至少80％相同。52.根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组α-乳白蛋白与牛α-乳白蛋白至少80％相同。53.根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组κ-酪蛋白与牛κ-酪蛋白至少80％相同。54.根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组β-乳球蛋白在选自下组的重组宿主细胞中产生：重组真菌宿主细胞(如，重组丝状真菌宿主细胞[如，来自选自下组的属：曲霉属(aspergillus)、假丝酵母属(candida)、镰刀菌属(fusarium)、汉逊酵母属(hansenula)、克鲁维酵母属(kluyveromyces)、毕赤酵母属(pichia)、酵母属(saccharomyces)、四膜虫属(tetrahymena)、木霉属(trichoderma)、耶氏酵母属(yarrowia)和接合酵母属(zygosaccharomyces)])、重组细菌宿主细胞、重组藻类宿主细胞或重组植物宿主细胞。[0055]根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组α-乳白蛋白在选自下组的重组宿主细胞中产生：重组真菌宿主(如，重组丝状真菌宿主细胞[如，来自选自下组的属：曲霉属、假丝酵母属、镰刀菌属、汉逊酵母属、克鲁维酵母属、毕赤酵母属、酵母属、四膜虫属、木霉属、耶氏酵母属和接合酵母属])、重组细菌宿主细胞、重组藻类宿主细胞或重组植物宿主细胞。[0056]根据上述任一项的乳制品替代物，其中重组κ-酪蛋白在选自下组的重组宿主细胞中产生：重组真菌宿主细胞(如，重组丝状真菌宿主细胞[如，来自选自下组的属：曲霉属、假丝酵母属、镰刀菌属、汉逊酵母属、克鲁维酵母属、毕赤酵母属、酵母属、四膜虫属、木霉属、耶氏酵母属和接合酵母属])、重组细菌宿主细胞、重组藻类宿主细胞或重组植物宿主细胞。[0057]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组β-乳球蛋白包含非天然反应位点。[0058]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组α-乳白蛋白包含非天然反应位点。[0059]根据以上任一项的乳制品替代物，其中所述重组κ-酪蛋白包含非天然反应位点。[0060]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组β-乳球蛋白缺乏存在于相应天然乳蛋白中的反应位点。[0061]根据以上任一项的乳制品替代物，其中所述重组α-乳白蛋白缺乏存在于相应天然乳蛋白中的反应位点。[0062]根据以上任一项的乳制品替代物，其中所述重组κ-酪蛋白缺乏存在于相应天然乳蛋白中的反应位点。[0063]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组β-乳球蛋白包含乳蛋白重复序列。[0064]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组α-乳白蛋白包含乳蛋白重复序列。[0065]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述重组κ-酪蛋白包含乳蛋白重复序列。[0066]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳制品替代物还包含非乳蛋白，如例如获自植物(如，豌豆、马铃薯、蚕豆、大豆、芥花(canola))的非乳蛋白。[0067]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳制品替代物包含以质量计约0.1％至约100％、约1％至约70％、约5％至约40％、或约10％至约25％的根据上述任一项的乳蛋白组分。[0068]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳制品替代物是粉末。[0069]根据上述任一项的乳制品替代物，其中所述乳制品替代物包含乳蛋白聚合物网络。[0070]另一方面，本文提供了包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物，其中所述乳制品替代物赋予组合物或在组合物中实质性促成在可比较的组合物中由乳赋予的属性。[0071]根据上述任一项的组合物，其中所述组合物是食品。[0072]根据上述任一项的组合物，其中所述食品是乳制品产品。[0073]根据上述任一项的组合物，其中所述食品是乳制品替代物产品。[0074]根据上述任一项的组合物，其中所述组合物包含乳蛋白聚合物网络。[0075]根据以上任一项的组合物，其中所述组合物包含以质量计约0.001％至90％、或约1％至50％、或约10％至30％的根据上述任一项的乳制品替代物。可指单独的“x”、单独的“y”、单独的“z”、“x、y和z”、“(x和y)或z”、“(x和z)或y”、“(y和z)或x”、单独的“x和y”、单独的“x和z”、单独的“y和z”、或“x或y或z”。[0090]氨基酸在本文中可通过它们的单字母代码、氨基酸名称或三字母代码来指代。单字母代码、氨基酸名称和三字母代码如下：g-甘氨酸(gly)、p-脯氨酸(pro)、a-丙氨酸(ala)、v-缬氨酸(val)、l-亮氨酸(leu)、i-异亮氨酸(ile)、m-蛋氨酸(met)、c-半胱氨酸(cys)、f-苯丙氨酸(phe)、y-酪氨酸(tyr)、w-色氨酸(trp)、h-组氨酸(his)、k-赖氨酸(lys)、r-精氨酸(arg)、q-谷氨酰胺(gln)、n-天冬酰胺(asn)、e-谷氨酸(glu)、d-天冬氨酸(asp)、s-丝氨酸(ser)、t-苏氨酸(thr)。氨基酸残基由氨基酸的第一个字母接着指明氨基酸在参考序列(如，uniprot序列)中位置的数字表示。[0091]如本文所用，术语“至少”和“一个(种)或多个(种)”是指1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10或更多个(种)或所有的随后列出的要素。[0092]如本文所用，术语“可比较的组合物”或“可比较的食品”分别是指通过与分别用于生产组合物或食品(分别与“可比较的组合物”或“可比较的食品”进行比较)的方法相同的方法生产的组合物或食品，不同之处在于所述“可比较的组合物”或“可比较的食品”分别包含相应的天然乳蛋白，其代替了如本文提供的重组乳蛋白。[0093]如本文所用，术语“组分”是指分组在一起的一种单元(如，一种蛋白)或多于一种单元(如，两种或更多种蛋白)，除非另外特别说明。分组仅被理解为象征性分组，因此不需要单元之间的物理相互作用(但是使用术语“组分”不排除物理相互作用)。[0094]如本文所用，术语“乳制品属性”是指乳制品产品的属性；或通过乳(如，全脂如[至少3.25％乳脂]、部分脱脂乳[1％至2％乳脂]、脱脂乳[低于0.2％乳脂]、烹煮乳、浓缩乳、调味乳、牛乳、山羊乳、绵羊乳、干燥乳、脱水乳(evaporatedmilk)、乳泡、奶粉(如，全脂奶粉、脱脂奶粉、换脂奶粉(即含有植物脂肪代替全部或部分动物脂肪的奶粉)、乳蛋白浓缩物(即，蛋白含量以重量计至少为80％；例如乳蛋白浓缩物、脱矿乳蛋白浓缩物、乳蛋白水解物、乳清蛋白浓缩物、脱矿乳清蛋白浓缩物、乳清蛋白水解物、β-乳球蛋白浓缩物、α-乳白蛋白浓缩物、酪蛋白浓缩物)或乳蛋白分离物(即，蛋白含量以重量计至少为90％；例如，乳蛋白分离物，乳清蛋白分离物，脱矿乳清蛋白分离物，β-乳球蛋白分离物、α-乳白蛋白分离物、酪蛋白分离物))赋予组合物(例如食品)的属性。本文公开的一般比较是用源自牛的乳进行的。[0095]如本文所用，术语“乳制品产品”指乳(如，全脂乳[至少3.25％乳脂]、部分脱脂乳[1％至2％乳脂]、脱脂乳[少于0.2％乳脂]、烹煮乳、浓缩乳、调味乳、山羊乳、绵羊乳、干燥乳、脱水乳、乳泡)以及源自乳的产品，包括但不限于酸奶(如，全脂酸奶[至少6克脂肪/170g]、低脂酸奶[2至5克脂肪/170g]、脱脂酸奶[0.5克或更少脂肪/170g]、希腊式酸奶[去除乳清的过滤酸奶]、搅拌型(whipped)酸奶、山羊奶酸奶、浓缩酸奶(labneh)[labne]、绵羊奶酸奶、酸奶饮料[如，全脂kefir、低脂奶kefir]、印度酸奶(lassi)、奶酪(如，乳清奶酪如意大利乳清干酪(ricotta)；帕斯塔菲拉塔(pastafilata)奶酪，如马苏里拉奶酪(mozzarella)；半软奶酪，如哈瓦蒂干酪(havarti)和门斯特干酪(muenster)；中硬奶酪，如swiss和jarlsberg；硬质奶酪，如切达干酪(cheddar)和帕尔马干酪(parmesan)；洗过的凝乳奶酪，如科尔比氏干酪(colby)和蒙特里杰克干酪(montereycjack)；软质成熟奶酪，如布里干酪(brie)和卡蒙贝尔奶酪(camembert)；新鲜奶酪，如白软干酪、菲达(feta)奶酪、奶油奶酪和凝乳)、加工奶酪、加工奶酪食品、加工奶酪产品、加工涂抹奶酪、酶调奶酪；速冻包装奶酪)、基于乳制品的调味料(如，沙拉酱、白酱、新鲜酱、冷冻酱、冷藏酱、耐贮存酱)、乳制品涂抹酱(如，低脂涂抹酱、低脂黄油)、奶油(如，干奶油、浓奶油、淡奶油、搅打奶油、半脂奶油(half-and-half)、调咖啡白油、咖啡奶精、酸奶油、法式鲜奶油(crèmefraiche))、冷冻甜食(如，冰淇淋、沙冰、奶昔、冻酸奶、圣代、意式冰淇淋(gelato)、奶油冻)、乳制甜点(如，新鲜、冷藏或冷冻)、黄油(如，搅打黄油、发酵黄油)、奶粉(如，全脂奶粉、脱脂奶粉、换脂奶粉(即，含有植物脂肪代替全部或部分动物脂肪的奶粉)、婴儿配方奶粉、蛋白浓缩物(如，乳蛋白浓缩物、乳清蛋白浓缩物、脱矿乳清蛋白浓缩物、β-乳球蛋白浓缩物、α-乳白蛋白浓缩物、糖巨肽浓缩物、酪蛋白浓缩物)，蛋白分离物(如，乳蛋白分离物，乳清蛋白分离物、脱矿乳清蛋白分离物、β-乳球蛋白分离物、α-乳白蛋白分离物、糖巨肽分离物、酪蛋白分离物)、营养补充剂、调质混合物、调味混合物、着色混合物)、即饮或预混产品(如，新鲜、冷藏或耐贮存乳蛋白饮料、减肥饮料、营养饮料、运动恢复饮料和能量饮料)、布丁、凝胶、咀嚼片、脆片、棒(如，营养棒、蛋白)和发酵乳制品(如，酸奶、奶酪、酸奶油、发酵酪乳、发酵黄油、发酵乳脂肪)。[0096]如本文所用，术语“基本上不含”是指通过普通分析方法在指定组合物中无法检测到的指定组分，或指以不具有功能性的这种痕量存在的指定组分。在此上下文中使用的术语“功能性”是指对包含痕量指定组分的组合物的性质没有贡献，或在包含痕量指定组分的指定组合物中不具有活性(如，酶活性)，或在食用包含痕量指定成分的组合物后没有对健康的不利影响。[0097]如本文所用，术语“丝状真菌”是指来自真菌门(eumycota)和卵菌门(oomycota)亚门的丝状形式的生物体(如，hawksworth等人,于ainsworthandbisby'sdictionaryofthefungi,8thedition,1995,cabinternational,universitypress,cambridge,uk所定义)。丝状真菌与酵母的区别在于其在营养生长过程中的菌丝伸长。如本文所用，术语“丝状真菌细胞”是指从丝状真菌获得的细胞。[0098]如本文所用，术语“食品/食品产品”是指可被人或动物摄取以用于饮食目的的组合物(即，无不良健康影响，但由于摄取胃肠道中的消化物质而具有显著的营养和/或热量摄入))，所述动物包括家养动物(如，狗、猫)、农场动物(如，牛、猪、马)和野生动物(如，非家养的捕食性动物)。该术语包括可与一种或多种其他成分组合或添加到其中以制备可被人类或动物摄取的食品的组合物。[0099]如本文所用，术语“真菌”是指子囊菌门(ascomycotas)、担子菌门(basidiomycota)、接合菌门(zygomycota)和壶菌门(chythridiomycota)、卵菌门(oomycota)和球囊菌门(glomeromycota)的生物体。然而，可以理解的是，真菌分类学在不断发展，因此真菌界的这一特定定义可能会在未来进行调整。如本文所用，术语“真菌细胞”是指从真菌获得的细胞。[0100]如本文所用，术语“宿主细胞”不仅指特定的受试细胞，而且指这类细胞的后代。由于某些修饰可能由于突变或环境影响而在后续世代中发生，因此这类后代实际上可能与亲本细胞不同，但仍包括在本文所用术语“宿主细胞”的范围内。[0101]如本文在多核苷酸或多肽序列的上下文中使用的术语“相同”，是指当为了最大比对而对齐时两个序列中相同的残基。本领域已知有许多不同的算法可用于测量多核苷酸或多肽序列同一性。例如，可使用以下来比较序列：fasta(如，使用wisconsin软件包10.0版(geneticscomputergroup(gcg),madison,wi)中提供的默认参数)、gap(如，使用wisconsinpackageversion10.0(gcg,madison,wi)中提供的默认参数)、bestfit、clustalw(如，使用版本1.83的默认参数)、或blast(如，使用相互blast、psi-blast、blastp、blastn)(参见，如pearson.1990.methodsenzymol.183:63；altschul等人1990.j.mol.biol.215:403)。[0102]如本文所用，术语“包括”、“包含”、“具有”、“有”、“含有”或其变型旨在为包含性的，以类似于术语“包含”的方式。[0103]如本文所用，术语“实质性促成”是指指示的组分以以下这类程度促成组合物的属性，即在不存在该组分的情况下(如，在除缺少指定成分外与该组合物相同的参考组合物中)该属性减少存在/活性/可测量性的至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、或至少50％。[0104]如本文所用，术语“乳蛋白”是指包含至少20个(如，至少20、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150个)氨基酸的序列的多肽，该序列与哺乳动物产生的乳中天然存在的蛋白(即，哺乳动物产生的乳中的天然蛋白；如，天然乳清蛋白或天然酪蛋白)中的氨基酸序列至少50％(如，至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％、100％)相同。乳蛋白的非限制性实例包括α-乳白蛋白(如，uniprot序列p00709、p00711、p00712或p09462的氨基酸20-142)、β-乳球蛋白(uniprot序列p02754的氨基酸17-178，uniprot序列p67976或p02756的氨基酸19-180)、乳铁蛋白(如，uniprot序列p24627、d3g9g3或q29477的氨基酸20-708；uniprot序列p02788的氨基酸20-710)、转铁蛋白(如，unipro序列q29443或w5pf65的氨基酸20-704；uniprot序列a0a452fjf9或p02787的氨基酸20-698)、血清白蛋白(如，uniprot序列p02769或p14639的氨基酸25-607；uniprot序列a0a452f7y5的氨基酸19-608；uniprot序列p02768的氨基酸25-609)、乳过氧化物酶、糖巨肽(gmp)、β-酪蛋白(如，uniprot序列p02666的氨基酸16-224；uniprot序列p11839或p33048的氨基酸16-222；p05814的氨基酸16-226)、γ-酪蛋白、κ-酪蛋白(如，uniprot序列p02668的氨基酸22-190；uniprot序列p02669或p02670的氨基酸22-192；uniprot序列p07498的氨基酸21-182)、α-s1-酪蛋白(如，uniprot序列p02662、p04653或p18626的氨基酸16-214；uniprot序列p47710的氨基酸16-185)、以及α-s2-酪蛋白(如，uniprot序列p02663的氨基酸16-222；uniprot序列p04654或p33049的氨基酸16-223)。编码乳蛋白的多核苷酸和多肽序列的非限制性实例公开于2015年8月21日提交的pct申请pct/us2015/046428和2017年8月25日提交的pct申请pct/us2017/48730中，在此以其整体并入本文。[0105]如本文所用，术语“天然”是指在自然界中产生的物质(如，未经人类遗传修饰并且在并非由人类限定的条件[如，氧合水平、ph、盐浓度、温度和养分(如，碳、氮、硫)可用性]下维持的细胞)。[0106]如本文所用，术语“非乳蛋白”是指未在哺乳动物产生的乳中发现的多肽(即，对于哺乳动物产生的乳来说非天然的蛋白)。[0107]如本文所用，术语“任选的”或“任选地”是指存在或不存在的特征或结构，或者发生或不发生的事件或情形。该描述包括特征或结构存在的情况，特征或结构不存在的情况，事件或情形发生的情况，以及事件或情形不发生的情况。[0108]如本文所用，术语“多核苷酸”是指rna、cdna、基因组dna的有义链和反义链，以及上述的合成形式和混合聚合物。多核苷酸可被化学或生物化学修饰，或者可包含非天然或衍生的核苷酸碱基。这类修饰包括，例如，标签；甲基化；用类似物取代一个或多个天然存在的核苷酸；核苷酸间修饰如不带电荷的键联(如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯)、带电荷的键联(如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯)、悬垂部分(如，多肽)、嵌入剂(如，吖啶、补骨脂素)、螯合剂、烷化剂、以及经修饰的键联(如，α异头核酸)。经修饰的核苷酸的实例在本领域中有所描述(参见，例如malyshev等人2014.nature509:385；li等人2014.j.am.chem.soc.136:826)。还包括模拟多核苷酸通过氢键或其他化学相互作用与指定序列结合的能力的合成分子。这类分子是本领域已知的并且包括例如，其中肽连接取代分子骨架中的磷酸键联的分子。其他修饰可包括例如，其中核糖环含有桥接部分或其他结构(例如在“锁”多核苷酸中可见的修饰)的类似物。[0109]如本文所用，术语“多肽”是指氨基酸的聚合形式。[0110]如本文所用，术语“蛋白”是指任何长度的多肽，其可包括包含编码和非编码氨基酸的多肽、包含天然存在和不天然存在的氨基酸的多肽、包含化学或生物化学修饰或衍生的氨基酸的多肽，和包含经修饰的肽骨架的多肽。[0111]如本文所用，术语“翻译后修饰”或其首字母缩写“ptm”是指生物合成后对蛋白的修饰(如，化学基团与蛋白的共价附接)。ptm可出现在蛋白的氨基酸侧链或其c末端或n末端。合适的ptm的非限制性实例包括糖基化(即，聚糖基团(如，单糖、二糖、多糖、线性聚糖、支链聚糖、具有galf残基的聚糖、具有硫酸根和/或磷酸根残基的聚糖、d-葡萄糖、d-半乳糖、d-甘露糖、l-岩藻糖、n-乙酰-d-半乳糖胺、n-乙酰-d-葡萄糖胺、n-乙酰-d-神经氨酸、呋喃半乳糖、磷酸二酯、n-乙酰葡萄糖胺、n-乙酰半乳糖胺、唾液酸及其组合；参见，例如deshpande等人2008.glycobiology18(8):626)对蛋白的共价附接，其通过c-连接(即，c-糖基化)、n-连接(即，n-糖基化)、或o-连接(即，o-糖基化)、或通过糖基磷脂酰肌醇化(即，添加糖基磷脂酰肌醇锚)或磷酸糖基化(即，通过磷酸丝氨酸的磷酸酯连接))、磷酸化(即，共价附接到蛋白的磷酸基团)、烷基化(即，共价附接到蛋白的烷烃基团(如，甲基化中的甲烷基团))、脂化(即，脂质基团的共价附接(如，异戊烯化和异戊二烯化中的类异戊二烯基团(如，法尼基化(farnesylation)中的法尼醇基团、香叶基化(geranylation)中的香叶醇基团、香叶酰香叶酰化(geranylgeranylation)中的香叶基香叶醇基团)、脂肪酰化中的脂肪酸基团(如，肉豆蔻酰化中的肉豆蔻酸，棕榈酰化中的棕榈酸)、糖基磷脂酰肌醇化中的糖基磷脂酰肌醇锚定))、羟基化(即，羟基的共价附接)、类泛素化(sumoylation)(即，与小泛素样修饰剂(或sumo)蛋白对蛋白的附接)、亚硝基化(即，no基团与蛋白的附接(如，s-亚硝基化))、亚硝基硫醇化(即，no基团与蛋白中的半胱氨酸硫醇附接(如，s-亚硝基硫醇))、谷胱甘肽化(即，谷胱甘肽基团与蛋白中的半胱氨酸硫醇附接(如，s-谷胱甘肽化))、以及酪氨酸硝化(即，硝酸根基团与蛋白中的酪氨酸残基附接)。重组乳蛋白的ptm可以是天然ptm(如，哺乳动物ptm)、非天然ptm、或至少一种天然ptm和至少一种非天然ptm的混合物。如本文所用，术语“非天然ptm”是指与如其存在于哺乳动物来源的乳中的蛋白(即，具有“天然ptm”的蛋白)相比，该蛋白中一种或多种ptm(如，糖基化、磷酸化)的一个或多个位置的差异，和/或该蛋白中一个或多个位置处一种或多种ptm类型的差异。重组乳蛋白中ptm的类型和/或数量和/或缺失和/或ptm的位置可赋予或实质性影响包含重组乳蛋白的组合物中的乳制品属性。[0112]如本文所用，术语“纯化”是指基本上与化学物质和细胞成分(如，细胞壁、膜脂、染色体、其他蛋白)分离的蛋白。该术语不要求(尽管允许)将蛋白与所有其他化学物质和细胞成分分离。[0113]如本文所用，术语“蛋白浓缩物”是指在去除碳水化合物、脂质、灰分和其他微量组分中的一种或多种的至少一部分(或主要部分)后获得的蛋白物质。它通常包括以重量计30％至80％(如，30％至80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％或35％；35％至80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％或40％；40％至80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％或45％；45％至80％、75％、70％、65％、60％、55％或50％；50％至80％、75％、70％、65％、60％或55％；55％至80％、75％、70％、65％或60％；60％至80％、75％、70％或65％；65％至80％、75％或70％；70％至80％、或75％；或者75％至80％)的蛋白。[0114]如本文所用，术语“蛋白分离物”是指在去除多糖、可溶性碳水化合物、灰分和其他微量组分中的一种或多种的至少一部分(或主要部分)后获得的蛋白物质。它通常包含按重量计至少80％(即，至少80％、至少85％、至少95％、至少99％)的蛋白。[0115]如本文所用，关于蛋白(如，乳蛋白)的术语“重组”是指重组产生(如，由重组宿主细胞产生)的蛋白。[0116]如本文所用，术语“重组α-乳白蛋白”是指重组产生的多肽，其包含与天然α-乳白蛋白(如，天然普通牛(bostaurus)α-乳白蛋白[如，uniprot序列p00711的氨基酸20至142]、天然绵羊(ovisaries)α-乳白蛋白[如，uniprot序列p09462的氨基酸20至142]、天然山羊(caprahircus)α-乳白蛋白[如，uniprot序列p00712的氨基酸20至142]、天然人(homosapiens)α-乳白蛋白[如，uniprot序列p00709的氨基酸20至142])中的氨基酸序列至少50％(如，至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％、100％)相同的、至少20(如，至少20、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150)个氨基酸的序列。[0117]如本文所用，术语“重组β-乳球蛋白”是指重组产生的多肽，其包含与天然β-乳球蛋白(如，天然普通牛β-乳球蛋白[如，uniprot序列p02754的氨基酸17至178]、天然绵羊β-乳球蛋白[如，uniprot序列p67976的氨基酸19至180]、天然山羊β-乳球蛋白[如，uniprot序列p02756的氨基酸19至180])中的氨基酸序列至少50％(如，至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％、100％)相同的、至少20(如，至少20、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150)个氨基酸的序列。[0118]如本文所用，术语“重组宿主细胞”是指包含重组多核苷酸的宿主细胞。因此，例如，重组宿主细胞可产生在宿主细胞的天然(非重组)形式中未发现的多核苷酸或多肽，或者重组宿主细胞可产生水平不同于宿主细胞的天然(非重组)形式中的水平的多核苷酸或多肽。应当理解，该术语旨在不仅指特定的受试细胞，而且指这种细胞的后代。因为某些修饰可能由于突变或环境影响而在后续世代中发生，这样的后代可能与亲本细胞不同，但仍包括在本文所用术语“重组宿主细胞”的范围内。[0119]如本文所用，术语“重组多核苷酸”是指已从其天然存在的环境移出的多核苷酸，与存在于自然界中时邻接或邻近该多核苷酸的多核苷酸的全部或部分不相关联的多核苷酸，可操作地连接至自然界中未连接的多核苷酸的多核苷酸、改变的多核苷酸、或自然界中不存在的多核苷酸。该术语可用于，例如，描述克隆的dna分离物，或包含化学合成核苷酸类似物的多核苷酸。如果多核苷酸包含非天然发生的基因修饰，则也认为该多核苷酸是“重组的”。例如，如果内源性多核苷酸包含人工引入(如，通过人为干预)的一个或多个核苷酸的插入、缺失或取代，则认为该内源多核苷酸是“重组多核苷酸”。这种修饰可将点突变、置换突变、缺失突变、插入突变、错义突变、移码突变、重复突变、扩增突变、易位突变或倒置突变引入多核苷酸。该术语包括在宿主细胞染色体中的多核苷酸，以及不在宿主细胞染色体中的多核苷酸(如，包含在附加体中的多核苷酸)。宿主细胞或生物体中的重组多核苷酸可使用宿主细胞的体内细胞机制进行复制；然而，这样的重组多核苷酸虽然随后在细胞内复制，但为了本发明的目的仍被认为是重组的。[0120]如本文所用，术语“重组κ-酪蛋白”是指包含与普通牛κ-酪蛋白(如，天然普通牛κ-酪蛋白[如，uniprot序列p02668的氨基酸22至190]，天然绵羊κ-酪蛋白[如，uniprot序列p02669的氨基酸22至192]，天然山羊κ-酪蛋白[如，uniprot序列p02670的氨基酸22至192]，天然人κ-酪蛋白[如，uniprot序列p07498的氨基酸21至182])中的氨基酸序列至少50％(如，至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％、100％)相同的、至少20(如，至少20、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150)个氨基酸的序列。[0121]如本文所用，术语“酵母”是指酵母目(saccharomycetales)的生物体。酵母的营养生长是通过单细胞菌体的出芽/起泡，并且碳分解代谢可能是发酵性的。如本文所用，术语“酵母细胞”是指获自酵母的细胞。[0122]如本文所用，术语“按质量计…％”是指在水合组合物中测定的质量的百分比值，使得组合物包括粉末的质量和水合剂的质量，其中100％固定为整个水合组合物的百分比值。在本文提供的蛋替代物为粉末形式(在之后的时间将向其中添加水合剂的质量)的实施方案中，该术语是指相对于最终整个水合组合物确定的质量百分比值(其中100％固定为整个最终水合组合物的百分比值)。[0123]如本文所用，在水合组合物(即，包含水的组合物)的上下文中的术语“按干质量计…％”是指相对于如果基本上去除水合组合物中所有的水仍保留的总干质量确定的质量百分比值，其中100％固定为该总干质量的百分比值。如本文所用，在干组合物(如，粉末)的上下文中的术语“按干质量计…％”是指相对于粉末组合物的总质量确定的质量百分比值，其中100％固定为该总干质量的百分比值。[0124]除非本文另有说明，否则本文对数值范围的记载仅旨在用作分别提及落入包括所记载的最小值和最大值在内的范围内的每个单独值(分数或积分)的简略方法，并且将每个单独的值并入说明书中，如同在本文中被分别记载一样。此外，应当理解，本文引用的任何数字范围旨在包括包含在其中的所有子范围。例如，“1至10”的范围旨在包括所记载的最小值1和所记载的最大值10之间(且包括1和10)的所有子范围，即，具有等于或大于1的最小值和小于或等于10的最大值。还应理解，以下描述的所有范围和量都是近似值，并不旨在限制本发明。在使用范围和数字的情况下，这些可以是近似的以包括统计范围或测量误差或变化。在一些实施方案中，例如，测量值可以是加或减10％。[0125]具有非天然翻译后修饰的重组乳蛋白[0126]一方面，本文提供了包含非天然翻译后修饰(ptm)的重组乳蛋白。[0127]重组乳蛋白是期望的，因为与从活动物(如，母牛、山羊)提取的乳的非重组的常规生产的天然乳蛋白相比，它们在生产中提供优势，包括但不限于：不依赖于动物的生产力；不受因动物疾病爆发引起的市场不确定性的影响；对环境的负面影响更有限(如，较少的自然资源需求[如，使用更少的水、土地、能源]，较低的二氧化碳产量)；对动物福利没有负面影响(如，没有动物圈养、强制喂食或激素处理)；降低供应链和生产风险(如，使用重组蛋白提供供应链变化和增加生产方法灵活性)；以及降低生产成本。[0128]此外，具有非天然ptm的重组乳蛋白是期望的，因为与它们的天然形式相比，非天然ptm可具有改变的特性，并且可用于提供具有新的工程化属性的组合物。作为一个非限制性实例，具有非天然ptm的重组乳蛋白可具有比其天然形式更好的溶解度，可使这样的重组乳蛋白更适合生产某些食品(如，乳制品类饮料)。具有非天然ptm的重组乳蛋白也可降低过敏原性，并且缺乏过敏原性表位的重组乳蛋白可以更适合生产可食用或可摄取的组合物(如，食品、药物制剂、止血产品)。作为进一步的非限制性实例，本文提供的重组乳蛋白与其天然形式相比可具有改善的消化率(即，组合物在人或其他动物肠道中降解的速率)，其也可使这样的重组乳蛋白减少过敏原性和/或更适合生产食品。[0129]具有非天然ptm的重组β-乳球蛋白[0130]在一些实施方案中，本文提供的重组乳蛋白是包含非天然ptm的重组β-乳球蛋白。[0131]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白包含以下氨基酸序列，所述氨基酸序列包含选自普通牛β-乳球蛋白的t4、t6、t18、s21、s27、s30、s36、t49、t76、t97、s110、s116、t125、s150、n152和t154的一个或多个氨基酸残基，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化(即，具有未结合到天然普通牛β-乳球蛋白中的相同氨基酸残基上的结合聚糖基团，和/或不具有与天然普通牛β-乳球蛋白中的相同氨基酸残基结合的结合聚糖基团，和/或具有与天然普通牛β-乳球蛋白中相同氨基酸残基结合的聚糖基团类型不同类型的结合聚糖基团)。[0132]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含普通牛β-乳球蛋白的氨基酸残基n152的氨基酸序列，并且在这样的氨基酸残基上具有非天然n-糖基化(如，例如包含至少一个己糖分子的结合聚糖基团)。[0133]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的t4、t6、t18、s21、s27、s30、s36、t49、t97、s110、s116、t125、s150和t154的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然o-糖基化(如，例如包含至少一个己糖分子的结合聚糖基团)。[0134]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的t4、t6、t18、y20、s21、s27、s30、s36、y42、t49、t76、t97、y99、y102、s110、s116、t125、s150和t154的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。[0135]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的k8、k14、r40、k47、k60、k69、k70、k75、k77、k83、k91、k100、k101、r124、k135、k138、k141和r148的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然甲基化。[0136]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的c66、c106、c119、c121和c160的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然棕榈酰化。[0137]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的k8、k14、k47、k60、k69、k70、k75、k77、k83、k91、k100、k101、k135、k138和k141的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然类泛素化。[0138]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的c66、c106、c119、c121和c160的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然亚硝基化。[0139]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的y20、y42、y99和y102的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然酪氨酸硝化。[0140]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的氨基酸残基f151的氨基酸序列，并且在这样的氨基酸残基上具有非天然糖基磷脂酰肌醇化。[0141]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的氨基酸残基c160的氨基酸序列，并且在这样的氨基酸残基上具有非天然法尼基化。[0142]在一些实施方案中，本文提供的重组β-乳球蛋白具有包含选自普通牛β-乳球蛋白的氨基酸残基c160的氨基酸序列，并且在这样的氨基酸残基上具有非天然香叶酰香叶酰化。[0143]具有非天然ptm的重组α-乳白蛋白[0144]在一些实施方案中，本文提供的重组乳蛋白是包含非天然ptm的重组α-乳白蛋白。[0145]在一些实施方案中，本文提供的重组α-乳白蛋白具有包含选自普通牛α-乳白蛋白的t4、s22、t29、t30、t33、s34、t38、n44、n45、s47、t48、n56、n57、n66、s69、s70、n71、n74、s76、t86、n102和s112的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化。[0146]在一些实施方案中，本文提供的重组α-乳白蛋白具有包含选自普通牛α-乳白蛋白的t4、y18、s22、t29、t30、t33、s34、y36、t38、s47、t48、y50、s69、s70、s76、t86、y103和s112的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。[0147]具有非天然ptm的重组κ-酪蛋白[0148]在一些实施方案中，本文提供的重组乳蛋白是包含非天然ptm的重组κ-酪蛋白。[0149]在一些实施方案中，本文提供的重组κ-酪蛋白具有包含选自普通牛κ-酪蛋白的s19、s33、s37、n41、n52、n53、s69、s80、n81、s87、t93、t94、s104、n113、t117、t121、n123、t124、s127、t131、s132、t133、t135、s141、t142、t145、s149、s155、n160、t161、t165、s166和t167的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然糖基化。[0150]在一些实施方案中，本文提供的重组κ-酪蛋白具有包含选自普通牛κ-酪蛋白的s19、y25、y30、s33、y35、s37、y42、y43、y58、y60、y61、s69、s80、s87、t93、t94、s104、t117、t121、t124、s127、t131、s132、t133、t135、s141、t142、t145、s149、s155、t161、t165、s166和t167的一个或多个氨基酸残基的氨基酸序列，并且在这类氨基酸残基的一个或多个上具有非天然磷酸化。[0151]乳制品替代物[0152]另一方面，本文提供包含乳蛋白组分的乳制品替代物，其中乳蛋白组分包含如本文提供的具有非天然ptm的重组乳蛋白，并且其中乳蛋白组分赋予或实质性促成所述乳制品替代物的乳制品属性。[0153]如本文所用，术语“乳蛋白组分”是指由乳清蛋白的子集、或酪蛋白的子集、或乳清蛋白的子集和酪蛋白的子集的混合物组成的组分(即，由存在于如乳清蛋白浓缩物、乳清蛋白分离物、乳清蛋白水解物、酪蛋白分离物、酪蛋白浓缩物、酪蛋白水解物、乳蛋白分离物、乳蛋白浓缩物、乳蛋白水解物、胶束酪蛋白浓缩物、酪蛋白酸钠或酪蛋白酸盐(acidcaseinate)中的一些但不是全部蛋白组成)，其中乳清蛋白的子集、或酪蛋白的子集、或乳清蛋白的子集和酪蛋白的子集的混合物包含本文提供的重组乳蛋白。该术语意味着组成乳蛋白组分的乳蛋白是本文提供的乳制品替代物中所包含的仅有的乳蛋白(即，乳制品替代物不包含除了组成乳蛋白组分的乳蛋白之外的乳蛋白)。[0154]本文提供的乳制品替代物是期望的，因为它在生产中提供了优势，包括但不限于：不依赖于牛的生产力；不受因牲畜疾病爆发引起的市场不确定性的影响；对环境的负面影响更有限(如，较少的自然资源需求[如，使用更少的水、土地、能源]，较低的二氧化碳产量)；对动物福利没有负面影响(如，没有动物圈养、强制喂食或激素处理)；降低供应链和生产风险(如，使用获得的重组蛋白提供供应链变化和增加生产方法灵活性)；以及降低生产成本。[0155]本文提供的乳制品替代物是进一步期望的，因为它在组合物和用途方面提供优势，包括但不限于：不含或具有降低水平的哺乳动物来源的乳的不健康成分(如，乳过敏原、饱和脂肪、胆固醇、微生物污染物[如，大肠杆菌细菌])；不包含非洁净(non-kosher)污染物(如，血液)；适合清真饮食(halaldiet)；适合纯素饮食；具有与乳相似或更好的营养含量(如，有利的氨基酸谱、低糖)；具有比乳更优越的口感/风味和香气；有可能被专门工程化改造为具有期望或新颖的属性；具有可在环境条件下储存延长时间(如，至少1年)而不会发生显著降解或细菌活性的干燥形式；具有易于重构的液体或冷冻形式，保质期更长；和/或在许多应用中提供替代乳的功能。[0156]根据以上任一项的乳制品替代物可基本上不含获自植物(如，本文公开的任何植物)的蛋白，或包含以干质量计小于0.5％、小于1％、小于5％、小于10％、小于15％、小于20％、小于30％、小于40％、或小于50％的获自植物的蛋白。[0157]根据上述任一项的乳制品替代物可不包含除包含在乳蛋白组分中的乳蛋白之外的其他蛋白。[0158]根据上述任一项的乳制品替代物可基本上不含获自动物的一种或多种组分，如，例如哺乳动物来源的乳、从哺乳动物来源的乳提取的乳清蛋白、或从哺乳动物来源的乳提取的酪蛋白，或包含2％或更少质量的获自动物的组分。[0159]根据以上任一项的乳制品替代物可基本上不含饱和脂质，或包含小于3％、小于2％、小于1％、小于0.5％、或小于0.1％质量的饱和脂质。[0160]根据以上任一项的乳制品替代物可基本上不含胆固醇，或包含小于1.5％、小于1％、小于0.5％、小于0.1％、或小于0.05％质量的胆固醇。[0161]根据上述任一项的乳制品替代物可基本上不含乳糖。[0162]根据上述任一项的乳制品替代物可具有低于乳的过敏原性，例如，相对于乳的过敏原性多达0％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％的过敏原性。过敏原性可使用皮肤点刺试验、血液试验或口服食物激发试验来测量。[0163]在标准环境温度和条件(即，20-30℃和0.95-1.05atm)下，根据上述任一项的乳制品替代物可以是流体、半固体(如，凝胶状的)、固体或粉末。乳制品替代物可以粉末形式使用，或者粉末形式可在使用前用水合剂重构，或者粉末形式可与其他干燥组分(如，面粉、糖、矿物质、ph或离子强度调节剂)混合然后将水合剂添加到混合物。合适的水合剂的非限制性实例包括水、奶(如，动物奶、坚果奶、基于植物的奶)、果汁(如，蔬菜汁、果汁、其他植物汁)、盐水(如，用于浸泡豆类或豆科植物的流体或液体)及其混合物。[0164]根据以上任一项的乳制品替代物可包含乳蛋白聚合物网络。如本文所用，术语“乳蛋白聚合物网络”是指由重复的乳蛋白单元组成的网络，所述重复的乳蛋白单元通过共价键(如，二硫键)或非共价键(如，离子键)彼此直接连接或通过中间分子连接。[0165]乳蛋白组分[0166]根据以上任一项的乳蛋白替代品可包含约0.1％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、或0.2％；0.2％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、或0.3％；0.3％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、或0.4％；0.4％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、或0.5％；0.5％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、或0.6％；0.6％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、或0.7％；0.7％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、或0.8％；0.8％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、或0.9％；0.9％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、或1％；1％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、或2％；2％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、或3％；3％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、或4％；4％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、或5％；5％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、或6％；6％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、或7％；7％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、或8％；8％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、或9％；9％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、或10％；10％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、12％、或11％；11％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、13％、或12％；12％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、14％、或13％；13％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、或14％；14％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、或15％；15％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、或20％；20％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、或25％；25％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、或30％；30％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、或35％；35％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、或40％；40％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、或45％；45％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、或50％；50％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、或55％；55％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、或60％；60％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、或65％；65％至100％、95％、90％、85％、80％、75％、或70％；70％至100％、95％、90％、85％、80％、或75％；75％至100％、95％、90％、85％、或80％；80％至100％、95％、90％、或85％；或85％至100％、95％、90％；90％至100％或95％、或95％至100％质量的乳蛋白组分，所述乳蛋白组分包含如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白。[0167]包含在乳蛋白组分中的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白包含如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的单一重组乳蛋白(如，如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白)，或两种或更多种如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白(如，如本文提供的具有一种或多种不同的非天然ptm的重组β-乳球蛋白的混合物、如本文提供的具有一种或多种不同的非天然ptm的重组α-乳白蛋白的混合物、如本文提供的具有一种或多种不同的非天然ptm的重组κ-酪蛋白的混合物、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白和如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白的混合物，如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白和如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白的混合物，如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白和如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白的混合物，如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白和如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白和如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白的混合物)。[0168]乳蛋白组分还可包含其他乳蛋白。任选的其他乳蛋白可以是天然乳蛋白或本文未提供的重组乳蛋白。在任选的其他乳蛋白是天然乳蛋白的实施方案中，天然乳蛋白可获自任何哺乳动物物种，包括但不限于母牛、人、绵羊、山羊、水牛、骆驼、马、驴、狐猴、熊猫、豚鼠、松鼠、熊、猕猴、大猩猩、黑猩猩、野生白山羊、猴、猿、猫、狗、沙袋鼠、大鼠、小鼠、大象、负鼠、兔、鲸鱼、狒狒、长臂猿、猩猩(orangutan)、山魈、猪、狼、狐狸、狮子、老虎、驯鹿和针鼹。[0169]根据上述任一项的乳蛋白组分必须由以下组成：具有如本文提供的一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白；具有如本文提供的一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白；具有如本文提供的一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白；具有如本文提供的不同的一种或多种非天然ptm的两种或更多种重组β-乳球蛋白的混合物(即，具有一种或多种不同的非天然ptm的两种或更多种重组β-乳球蛋白的混合物)；具有如本文提供的不同的一种或多种非天然ptm的两种或更多种重组α-乳白蛋白的混合物(即，具有一种或多种不同的非天然ptm的两种或更多种重组α-乳白蛋白的混合物)；具有如本文提供的不同的一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白的混合物(即，具有一种或多种不同的非天然ptm的两种或更多种重组κ-酪蛋白的混合物)；具有如本文提供的一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白与以下中的任何一种或多种或全部组合：α-乳白蛋白(如，天然α-乳白蛋白、本文未提供的重组α-乳白蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白)、乳铁蛋白(如，天然乳铁蛋白、重组乳铁蛋白)、转铁蛋白(如，天然转铁蛋白、重组转铁蛋白)、血清白蛋白(如，天然血清白蛋白、重组血清白蛋白)、乳过氧化物酶(如，天然乳过氧化物酶、重组乳过氧化物酶)、gmp(如，天然gmp、重组gmp)、β-酪蛋白(如，天然β-酪蛋白、重组β-酪蛋白)、γ-酪蛋白(如，天然γ-酪蛋白、重组γ-酪蛋白)、κ-酪蛋白(如，天然κ-酪蛋白、本文未提供的重组κ-酪蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白)、α-s1-酪蛋白(如，天然α-s1-酪蛋白、重组α-s1-酪蛋白)、以及α-s2-酪蛋白(如，天然α-s2-酪蛋白、重组α-s2-酪蛋白)；如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白与以下中的任何一种或多种或全部组合：β-乳球蛋白(如，天然β-乳球蛋白、本文未提供的重组β-乳球蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白)、乳铁蛋白(如，天然乳铁蛋白、重组乳铁蛋白)、转铁蛋白(如，天然转铁蛋白、重组转铁蛋白)、血清白蛋白(如，天然血清白蛋白、重组血清白蛋白)、乳过氧化物酶(如，天然乳过氧化物酶、重组乳过氧化物酶)、gmp(如，天然gmp、重组gmp)、β-酪蛋白(如，天然β-酪蛋白、重组β-酪蛋白)、γ-酪蛋白(如，天然γ-酪蛋白、重组γ-酪蛋白)、κ-酪蛋白(如，天然κ-酪蛋白、本文未提供的重组κ-酪蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白)、α-s1-酪蛋白(如，天然α-s1-酪蛋白、重组α-s1-酪蛋白)、以及α-s2-酪蛋白(如，天然α-s2-酪蛋白，重组α-s2-酪蛋白)；或如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白与以下中的任何一种或多种或全部组合：β-乳球蛋白(如，天然β-乳球蛋白、本文未提供的重组β-乳球蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白)、乳铁蛋白(如，天然乳铁蛋白、重组乳铁蛋白)、转铁蛋白(如，天然转铁蛋白、重组转铁蛋白)、血清白蛋白(如，天然血清白蛋白、重组血清白蛋白)、乳过氧化物酶(如，天然乳过氧化物酶、重组乳过氧化物酶)、gmp(如，天然gmp、重组gmp)、β-酪蛋白(如，天然β-酪蛋白、重组β-酪蛋白)、γ-酪蛋白(如，天然γ-酪蛋白、重组γ-酪蛋白)、α-乳白蛋白(如，天然α-乳白蛋白、本文未提供的重组α-乳白蛋白、如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组α-乳白蛋白)、α-s1-酪蛋白(如，天然α-s1-酪蛋白，重组α-s1-酪蛋白)、以及α-s2-酪蛋白(如，天然α-s2-酪蛋白、重组α-s2-酪蛋白)。[0170]根据以上任一项的乳蛋白组分可包含以下或由以下组成：如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白和天然乳蛋白，其质量比为约100:1至约1:100(如，约100:1、约90:1、约80:1、约70:1、约60:1、约50:1、约40:1、约30:1、约20:1、约10:1、约9:1、约8:1、约7:1、约6:1、约5:1、约4:1、约3:1、约2:1、约1:1、约1:2、约1:3、约1:4、约1:5、约1:6、约1:7、约1:8、约1:9、约1:10、约1:20、约1:30、约1:40、约1:50、约1:60、约1:70、约1:80、约1:90或约1:100)。[0171]根据以上任一项的乳蛋白组分可包含以下或由以下组成：如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组β-乳球蛋白和/或如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的α-乳白蛋白以及天然乳清蛋白，其质量比为约10:1至约1:10(如，约10:1、约9:1、约8:1、约7:1、约6:1、约5:1、约4:1、约3:1、约2:1、约1:1、约1:2、约1:3、约1:4、约1:5、约1:6、约1:7、约1:8、约1:9、约1:10)。[0172]根据以上任一项的乳蛋白组分可包含以下或由以下组成：如本文提供的具一种或多种非天然ptm的重组κ-酪蛋白和天然酪蛋白，其质量比为约10:1至约1:10(如，约10:1、约9:1、约8:1、约7:1、约6:1、约5:1、约4:1、约3:1、约2:1、约1:1、约1:2、约1:3、约1:4、约1:5、约1:6、约1:7、约1:8、约1:9、约1:10)。[0173]根据上述任一项的乳制品替代物的乳蛋白组分可包含如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白，其缺乏过敏原表位(即，可在人或动物中引发免疫应答的氨基酸序列)。[0174]根据上述任一项的乳制品替代物的乳蛋白组分可包含如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白，其包含反应位点。如本文所用，术语“反应位点”是指分子(如，多肽)上的化学基团，其可与另一分子(如，另一多肽)上的化学基团形成共价键(即，“交联”)。反应位点可以是天然反应位点、非天然反应位点(即，不存在于天然乳蛋白中的反应位点)，或至少一种天然反应位点和至少一种非天然反应位点的混合物。合适的反应位点的非限制性实例包括二硫化物、硫醇、伯胺、羧基、羧胺和羟基(参见，例如，(means&feeney.1971.chemicalmodificationofproteins.holdenday,inc.sanfrancisco,cambridge,london，amsterdam)。在多肽中引入或去除反应位点的方法是本领域已知的(参见，例如means,ga&feeney,re.1971.chemicalmodificationofprotein.holdenday,inc.sanfrancisco,cambridge,london,amsterdam)，并且包括，例如，缺失或插入包含反应位点的氨基酸残基(如，半胱氨酸残基、赖氨酸残基、谷氨酸残基、天冬氨酸残基、非天然氨基酸(如，硒代半胱氨酸、甲基化氨基酸、精氨酸化(argenylated)氨基酸、酰化氨基酸、生物素化氨基酸))。重组乳蛋白中反应位点的类型和/或数量和/或位置可赋予或实质性影响根据上述任一项的乳制品替代物中的乳制品属性。根据上述任一项的乳制品替代物的乳蛋白组分中所包含的缺乏存在于相应天然乳蛋白中的反应位点的重组乳蛋白也在本发明的范围内。[0175]根据以上任一项的乳制品替代物的乳蛋白组分可包含如本文提供的具有一种或多种非天然ptm的重组乳蛋白，其包含乳蛋白重复序列。如本文所用，术语“乳蛋白重复序列”是指与哺乳动物产生的乳中存在的蛋白(如，乳清蛋白、酪蛋白)中的氨基酸序列至少80％相同(如，至少80％、至少85％、至少90％、至少95％相同、至少99％相同)并且在重组乳蛋白中存在多于1次(如，至少2、至少3、至少4、至少5、至少10、至少15、至少20、至少30、至少40、至少50、至少75、至少100、至少150或至少200次)的氨基酸序列。乳蛋白重复序列可包含至少10、至少20、至少30、至少40、至少50、至少75、至少100、至少150且通常不超过200个氨基酸。重组乳蛋白中的乳蛋白重复序列可以是连续的(即，无间隔氨基酸序列)或不连续的(即，有间隔氨基酸序列)。当非连续存在时，间隔氨基酸序列可在提供分子量方面发挥被动作用而不引入不期望的特性，或者可在提供特定特性(如，溶解性、生物降解性、与其他分子的结合)方面发挥主动作用。重组乳蛋白中的乳蛋白重复序列的类型和/或数量和/或位置可赋予或实质性影响根据上述任一项的乳制品替代物中的乳制品属性。[0176]其他成分[0177]根据上述任一项的乳制品替代物还可包含其他成分(如，本文所公开的任何其他成分)，例如任何一种这样的其他成分、两种或更多种这样的其他成分的任何组合、或全部这样的其他成分按质量计占0.001％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、或0.01％；0.01％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、或0.1％；0.1％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、或0.5％；0.5％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、或1％；1％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、或2％；2％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、或3％；3％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、或4％；4％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、或5％；5％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、或6％；6％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、或7％；7％至50％、25％、20％、15％、10％、9％、或8％；8％至50％、25％、20％、15％、10％、或9％；9％至50％、25％、20％、15％、或10％；10％至50％、25％、20％、或15％；15％至50％、25％、或20％；20％至50％、或25％；或25％至50％。[0178]根据以上任一项的乳制品替代物可包含营养剂(如例如，营养品、营养补充剂、益生元、益生菌、前维生素、维生素(如，维生素a、维生素b、维生素e、维生素d、维生素k)、矿物质(如，钙、磷、钾、钠、柠檬酸盐、氯化物、磷酸盐、硫酸盐、镁、钾、锌、铁、钼、锰、铜)、抗氧化剂、脂质或非乳蛋白)或功能剂(如例如，酸化剂、缓冲剂、保质期延长剂、ph和/或离子强度调节剂、抗微生物剂、抗氧化剂、防腐剂、乳化剂、质地剂/口感剂、着色剂、口味/风味剂、芳香剂、发酵剂、流动剂、烘焙调节剂或甜味剂)。[0179]根据上述任一项的乳制品替代物可包含脂质，如，例如脂肪、油、甘油单酯、甘油二酯、甘油三酯、磷脂、游离脂肪酸或其混合物。[0180]根据上述任一项的乳制品替代物可包含油，如，例如植物油(如，葵花油、椰子油、芥子油、花生油、芥花油、玉米油、棉籽油、亚麻籽油、橄榄油、棕榈油、油菜籽油、红花油、芝麻油、大豆油、杏仁油、山毛榉坚果油、巴西坚果油、腰果油、榛子油、澳洲坚果油、蒙古果油(mongongonutoil)、山核桃油、松子油、开心果油、胡桃油、鳄梨油、葡萄油)、微生物来源的油、藻类来源的油、真菌来源的油、海洋动物油(如，大西洋鱼油、太平洋鱼油、地中海鱼油、轻榨鱼油、碱处理鱼油、热处理鱼油、浅棕色和重棕色鱼油、鲣鱼油、沙丁鱼油(pilchardoil)、金枪鱼油、鲈鱼油、比目鱼油、旗鱼油、梭鱼油、鳕鱼油、鲱鱼油、沙丁鱼油(sardineoil)、凤尾鱼油、鳞鱼油、大西洋鳕鱼油、大西洋鲱鱼油、大西洋鲭鱼油、大西洋鲱鱼油、鲑鱼油、鲨鱼油、鱿鱼油、墨鱼油、章鱼油、磷虾油、海豹油、鲸脂油)、非精油、精油、天然油、非氢化油、部分氢化油、氢化油(如，氢化椰子油)、原油、半精炼(又被称为碱精炼)油、互酯化油、精炼油、或其衍生物或混合物。[0181]根据上述任一项的乳制品替代物可包含甘油单酯或甘油二酯，如，例如植物来源的甘油单酯或甘油二酯(如，来源于向日葵、椰子、花生、棉籽、橄榄、棕榈、油菜籽、红花、芝麻籽、大豆、杏仁、山毛榉坚果、巴西坚果、腰果、榛子、澳洲坚果、蒙古果(mongongonut)、山核桃、松子、开心果、胡桃和鳄梨的甘油单酯或甘油二酯)，或包含本文公开的任何游离脂肪酸的酰基链的甘油单酯或甘油二酯，或其两种或更多种的任何混合物。[0182]根据上述任一项的乳制品替代物可包含游离脂肪酸，如，例如丁酸；己酸；辛酸；癸酸；月桂酸；肉豆蔻酸；棕榈酸；硬脂酸；花生酸；山萮酸；木蜡酸；蜡酸；肉豆蔻酸；棕榈油酸(palmitoleicacid)；十六碳烯酸(sapienicacid)；油酸；反油酸；异油酸；亚油酸；反式亚油酸；α-亚麻酸；花生四烯酸；二十碳五烯酸；芥酸；二十二碳六烯酸；ω-脂肪酸(如，花生四烯酸、ω-3-脂肪酸、ω-6-脂肪酸、ω-7-脂肪酸、ω-9-脂肪酸)；长度为4至16个碳的偶数碳脂肪酸；单饱和酸[特别是具有18个碳原子]；具有低界面张力的脂肪酸(如，小于20、小于15、小于11、小于9、小于7、小于5、小于3、小于2、小于1或小于0.5达因(dynes)/cm，0.1至20、1至15、2至9、3至9、4至9、5至9、2至7、0.1至5、0.3至2、或者0.5至1达因/cm，0.1、0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10.0、10.5、11.0、11.5、12.0、12.5、13.0、13.5、14.0、14.5、15.0、15.5、16.0、16.5、17.0、17.5、18.0、18.5、19.0、19.5或20.0)；在sn-3处酯化的丁酸(4:0)或己酸(6:0)；中链脂肪酸(8:0–14:0)以及在位点sn-1和sn-2处酯化的16:0；硬脂酸(18:0)位于位点sn-1处的脂肪酸；油酸(18:1)位于位点sn-1和sn-3处的脂肪酸；具有一系列碳原子(如，8至40、10至38、12至36、14至34、16至32、18至30或20至28个碳原子)的脂肪酸；包含至少一个不饱和键(即，碳-碳双键或三键；例如，至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、或至少8个碳-碳双键和/或三键)的脂肪酸；具有共轭不饱和键的脂肪酸(即，至少一对碳-碳双键和/或三键键合在一起，它们之间无亚甲基(ch2)基团[如，4ch:chich:chi])；或其衍生物(如，酯[如，甲酯和乙酯]、盐[如，钠盐和钾盐]、甘油三酯衍生物、甘油二酯衍生物、甘油单酯衍生物)；或其两种或更多种的任何混合物。[0183]根据以上任一项的乳制品替代物可包含磷脂，如，例如卵磷脂磷脂(如，大豆卵磷脂磷脂、向日葵卵磷脂磷脂、棉花卵磷脂磷脂、油菜籽卵磷脂磷脂、米糠卵磷脂磷脂、玉米卵磷脂磷脂、面粉卵磷脂磷脂)、心磷脂、神经酰胺磷酸胆碱、神经酰胺磷酸乙醇胺、甘油磷脂、磷脂酸、磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺、磷脂酰肌醇、鞘磷脂、磷脂酰丝氨酸、或其衍生物，或其两种或更多种的任何混合物。[0184]根据上述任一项的乳制品替代物可包含甘油三酯，如，例如三丁酸甘油酯；短链甘油三酯；包含三油酸的短链甘油三酯；包含己酸的短链甘油三酯；包含己酸和丁酸的短链甘油三酯；包含己酸和癸酸的短链甘油三酯；以及包含一个丁酸、一个己酸和一个辛酸的短链甘油三酯；或其衍生物，或其两种或更多种的任何混合物。[0185]根据以上任一项的乳制品替代物还可包含碳水化合物。[0186]碳水化合物可获自任何来源，包括，如植物(如，本文公开的任何植物)、藻类(如，本文公开的任何藻类)、真菌(如，本文公开的任何真菌)、或细菌(如，本文公开的任何细菌)。[0187]合适的碳水化合物的非限制性实例包括：单糖，如，例如葡萄糖、果糖、半乳糖及其混合物；二糖，如，例如麦芽糖、乳糖、蔗糖及其混合物；多糖，如，例如淀粉(如，果胶、玉米(玉蜀黍)淀粉、燕麦淀粉、马铃薯淀粉、甘薯淀粉、米淀粉、豌豆淀粉、小麦淀粉、红豆淀粉、绿豆淀粉(greenbeanstarch)、葛根淀粉、卡塔库栗(katakuri)淀粉、竹芋淀粉、绿豆淀粉(mungbeanstarch)、西米淀粉、木薯淀粉、植物淀粉(如，获自本文公开的任何植物的淀粉)以及其衍生物和其中两种或更多种的混合物。在一些实施方案中，淀粉是改性淀粉(如，预胶化淀粉(如玉米、小麦、木薯)、预胶化高直链淀粉含量的淀粉、预胶化水解淀粉(如，麦芽糊精、玉米糖浆固体、米糖浆固体、木薯糖浆固体)、化学改性淀粉如预胶化取代淀粉(如，辛烯基琥珀酸改性淀粉)、碱性改性淀粉、漂白淀粉、氧化淀粉、单淀粉磷酸酯、双淀粉磷酸酯、磷酸化双淀粉磷酸酯、乙酰化双淀粉磷酸酯、乙酰化淀粉、单淀粉醋酸酯、乙酰化淀粉、单淀粉醋酸酯、乙酰化双淀粉己二酸酯、双淀粉甘油、羟丙基淀粉、羟丙基双淀粉甘油、羟丙基双淀粉磷酸酯、淀粉辛烯基琥珀酸钠、乙酰化氧化淀粉、糊精、辛烯基琥珀酸钠淀粉、以及其衍生物和其中两种或更多种的混合物)、面粉(如，橡子粉、杏仁粉、苋菜粉、阿塔(atta)面粉、大麦粉、豆粉、荞麦粉、木薯粉、栗子粉、粉、椰子粉、玉米(玉蜀黍)粉、硬质小麦粉、单粒小麦粉、二粒小麦粉、蚕豆粉、鹰嘴豆粉、磨碎的鼠尾草籽、磨碎的亚麻籽、汉麻粉、khorasan面粉、扁豆粉、maida面粉、麦芽大麦粉、马萨粉(masaharina)、牧豆(mesquite)粉、小米粉、坚果粉、燕麦粉、豌豆粉、花生粉、马铃薯粉、奎奴亚藜粉、米粉、黑麦粉、高粱粉、大豆粉、斯佩耳特小麦粉(speltflour)、甜米粉、芋粉、苔麸(teff)粉、小麦粉、活性小麦面筋、磨碎的鼠尾草籽、磨碎的亚麻籽、以及其衍生物和其中两种或更多种的混合物)、树胶(如，竹芋粉、黄原胶、金合欢树胶(阿拉伯树胶)、结冷(gellan)胶、瓜尔胶、刺槐豆胶(角豆胶)、黄芪胶、角叉菜胶、塔拉(tara)胶、小麦胶、魔芋胶、琼脂胶、卡拉亚树胶(karayagum)、色利普粉(salep)、改性纤维素(如，甲基纤维素、甲氧基甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素、微晶纤维素)以及其衍生物和混合物。在一些实施方案中，胶是改性胶(如，脱乙酰、脱乙酰澄清、部分脱乙酰、部分脱乙酰澄清、以及其衍生物和其中两种或更多种的混合物))、可食用纤维(如，金合欢纤维、竹纤维、大麦麸、胡萝卜纤维、纤维素(如，木浆纤维素)、柑橘纤维、玉米麸、可溶性膳食纤维、不溶性膳食纤维、燕麦麸、豌豆纤维、米麸、车前子壳、魔芋、大豆纤维、大豆多糖、小麦麸、菊粉、以及其衍生物、和其中两种或更多种的混合物)，以及其两种或更多种的混合物；以及其两种或更多种的混合物。[0188]根据上述任一项的乳制品替代物可包含获自动物(如昆虫(如，苍蝇)、哺乳动物(如，母牛、绵羊、山羊、兔、猪、人)或禽类(如，鸡))或植物(如，例如豌豆、马铃薯、蚕豆、大豆和芥花)或微生物(即，单细胞生物，如，例如酵母、细菌、古细菌、单细胞原生生物、单细胞动物、单细胞植物、单细胞真菌、单细胞藻类、原生动物或色藻界)的非乳蛋白(包括具有天然ptm、非天然ptm或其混合物、和/或缺乏天然ptm、和/或缺乏在人或动物中引起免疫应答的表位的重组非乳蛋白)。非乳蛋白的非限制性实例包括血清蛋白(如，白蛋白)、蛋蛋白质(如，卵类粘蛋白、卵清蛋白、卵转铁蛋白、g162mf167a卵类粘蛋白、卵球蛋白g2、卵球蛋白g3、α-卵粘蛋白、β-卵粘蛋白、溶菌酶、卵抑制剂、卵糖蛋白、黄素蛋白、卵巨球蛋白、卵固蛋白(ovostatin)、胱抑素、亲和素、卵清蛋白相关蛋白x和卵清蛋白相关蛋白y)、结构蛋白(如，胶原蛋白、原弹性蛋白、弹性蛋白)、以及植物蛋白(如，获自豌豆、马铃薯、蚕豆、大豆或芥花的蛋白浓缩物或蛋白分离物)。[0189]根据以上任一项的乳制品替代物可包含抗氧化剂，如，例如α-生育酚(如，包含在牛乳中的生育酚)、低分子量硫醇(如，包含在牛乳中的低分子量硫醇)、视黄醇(如，包含在牛乳中的视黄醇)、类胡萝卜素(如，牛乳中包含的类胡萝卜素、α-胡萝卜素、β-胡萝卜素、γ-胡萝卜素、叶黄素、玉米黄质、虾青素)、维生素e、印度苦楝树(azadirachtaindica)提取物、核黄素、迷迭香提取物、包含在迷迭香提取物中的酚类二萜(如，鼠尾草酚、鼠尾草酸)、鼠尾草提取物、抗坏血酸(维生素c)及其盐、乳酸及其盐、葡萄渣青贮饲料、包含在葡萄渣青贮饲料中的酚类化合物(如，阿魏酸)、大豆(glycinemax)提取物、大豆提取物中包含的异黄酮或多酚化合物、大蒜(alliumsativum)提取物、大蒜提取物中包含的酚类或黄酮类或萜类化合物、茴香(foeniculumvulgaremill.)提取物、甘菊(母菊(matricariarecutital.))提取物、脂肪酸(如，α-硫辛酸)、褐藻(如，泡叶藻(ascophyllumnodosum)、墨角藻(fucusvesiculosus))、绿粉椒精油(geo)、成熟粉椒精油(meo)、绿茶提取物、丁基羟基茴香醚(e320)、丁基羟基甲苯(e321)、多酚(如，姜黄素、类姜黄素、去甲氧基姜黄素(羟基肉桂酰阿魏酰甲烷(hydroxycirmamoylferuloylmethane)、双去甲氧基姜黄素)、儿茶素(如，表没食子儿茶素没食子酸酯、表儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素、表儿茶素、c儿茶素、包含在绿茶提取物中的儿茶素)、或其衍生物，或其两种或更多种的任何混合物。[0190]根据上述任一项的乳制品替代物可包含乳化剂，如阴离子乳化剂、非离子乳化剂、阳离子乳化剂、两性乳化剂、生物乳化剂、steric乳化剂、pickering乳化剂、糖脂(如，海藻糖脂质、槐糖脂、鼠李糖脂、甘露糖赤藓醇脂质)、寡肽(如，短杆菌肽s、多粘菌素)、脂肽(如，表面活性素(surfactin))、磷脂、脂肪酸、中性脂质、聚合生物表面活性剂、两亲性多糖、脂多糖、蛋白(如，豌豆蛋白、大豆蛋白、鹰嘴豆蛋白、藻类蛋白、酵母蛋白、马铃薯蛋白、扁豆蛋白)、甘露糖蛋白、磷酸钠、硬脂酰乳酸钙、单甘油酯的单乙酰和双乙酰酒石酸酯、磷脂、山梨糖醇酐单硬脂酸酯、硬脂酸镁、脂肪酸的钠/钾/钙盐、硬脂酰二乳酸钙、聚甘油酯、山梨糖醇酐脂肪酸酯、甘油单酯的乙酸酯、甘油单酯的乳酸酯、甘油单酯的柠檬酸酯、脂肪酸的聚甘油酯、聚甘油聚蓖麻醇酸酯、脂肪酸的丙烷-1,2-二醇酯、糖酯、脂肪酸的蔗糖酯、甘油单酯、乙酰化甘油单酯、乳酸化甘油单酯、甘油二酯、磷酸甘油单酯、二乙酰酒石酸酯、硬脂酰-2-乳酸钠/钙、铵磷脂、聚山梨醇酯、聚山梨酯-80、羧甲基纤维素(cmc)、调制纤维素、柠檬酸酯、甲壳素(liposan)、乳化素(emulsan)、卵磷脂(如，基于植物的卵磷脂、鹰嘴豆卵磷脂、蚕豆卵磷脂、大豆卵磷脂、向日葵卵磷脂、芥花卵磷脂)、表面活性剂(如，山梨糖醇酐三油酸酯(span85)、山梨糖醇酐三硬脂酸酯(span65)、山梨糖醇酐倍半油酸酯(arlacel83)、单硬脂酸甘油酯、山梨糖醇酐单油酸酯(span80)、山梨糖醇酐单硬脂酸酯(span60)、山梨糖醇酐单棕榈酸酯(span40)、山梨糖醇酐单月桂酸酯(span20)、聚氧乙烯山梨糖醇酐三硬脂酸酯(tween65)、聚氧乙烯山梨糖醇酐三油酸酯(tween85)、单硬脂酸聚乙二醇400、聚山梨醇酯60(tween60)、聚氧乙烯单硬脂酸酯、聚山梨醇酯80(tween80)、聚山梨醇酯40(tween40)、聚山梨醇酯20(tween20)、peg20三硬脂酸酯、peg20三油酸酯、peg20单硬脂酸酯、peg20单油酸酯、peg20单棕榈酸酯和peg20单月桂酸酯山梨糖醇酐)、以及其衍生物和混合物。[0191]根据上述任一项的乳制品替代物可包含甜味剂，如，例如甜菊、阿斯巴甜、环磺酸盐、糖精、三氯蔗糖、罗汉果苷、甜味蛋白(brazzein)、仙茅甜蛋白(curculin)、赤藓糖醇、甘草皂苷、菊粉、异麦芽酮糖醇、乳糖醇(lacititol)、马槟榔甜蛋白(mabinlin)、malititol、甘露糖醇、神秘果素(miraculin)、莫纳甜(monatin)、monelin、osladin、倍他丁(pentadin)、山梨糖醇、索马甜(thaumatin)、木糖醇、安赛蜜钾、爱德万甜(advantame)、阿力甜(alitame)、阿斯巴甜-安赛蜜、环磺酸钠、甘素(dulcin)、甜素(glucin)、新橙皮苷二氢查耳酮、纽甜(neotame)、p-4000、蜂蜜、蔗糖、玉米糖浆固体、葡萄糖、乳糖、半乳糖、右旋糖、果糖、麦芽糖、异麦芽酮糖、海藻糖、麦芽糖糊精、asulfamek、环磺酸盐、l-天冬氨酰-l-苯丙氨酸、塔格糖(tagatose)、甜菊苷、氢化淀粉水解物、高果糖玉米糖浆、低聚果糖、聚右旋糖或其衍生物或混合物。[0192]包含具有非天然ptm的重组乳蛋白的组合物[0193]另一方面，本文提供包含上述任一项的乳制品替代物的组合物，其中所述乳制品替代物赋予或实质性促进该组合物的乳制品属性。[0194]根据上述任一项的组合物可包含至少0.001％、0.01％、0.1％、1％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％；0.001％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、1％、0.1％或0.01％；0.01％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、1％或0.1％；0.1％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％或1％；1％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％或10％；10％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％或20％；20％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％或30％；30％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％或40％；40％至100％、99％、95％、90％、80％、70％、60％或50％；50％至100％、99％、95％、90％、80％、70％或60％；60％至100％、99％、95％、90％、80％或70％；70％至100％、99％、95％、90％或80％；80％至100％、99％、95％或90％；90％至100％、99％或95％；95％至100％或99％；或99％至100％质量的乳制品替代物。[0195]根据以上任一项的组合物可基本上不含获自动物的组分(如，获自本文公开的动物的任何或全部组分)，或包含2％或更少质量的获自动物的组分。[0196]根据以上任一项的组合物可具有与可比较的组合物相比更低的过敏原性，如，例如相对于可比较的组合物的过敏原性多达0％、1％、5％、10％、15％20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％的过敏原性。[0197]根据上述任一项的组合物可包含乳蛋白聚合物网络。[0198]根据上述任一项的组合物可以是各种产品，包括例如食品(即，为饮食目的摄取的产品)、聚合物、药物产品或个人护理产品。[0199]食品[0200]另一方面，本文提供包含上述任一项所述的乳制品替代物的食品，其中所述乳制品替代物赋予或实质性促进所述食品的乳制品属性。[0201]包含β-乳球蛋白和/或α-乳白蛋白的食品是期望的，特别是对于运动员而言，因为这些乳蛋白具有高含量的必需氨基酸和支链氨基酸，被认为有助于肌肉组织的产生。此外，β-乳球蛋白作为食品添加剂是期望的，因为它具有良好的水结合能力，这种特性使β-乳球蛋白适用于控制食品的水分活度(例如，参见gustavo等人2007.wateractivityinfoods:fundamentalsandapplications,wiley-blackwell,isbn:978-0-8138-2408-6)。此外，β-乳球蛋白作为食品添加剂是期望的，因为它具有抗微生物活性，该特性使β-乳球蛋白适用于延长食品的保质期。此外，β-乳球蛋白作为食品添加剂是期望的，因为它可以很容易地在界面处吸收，该特性使得β-乳球蛋白适用于在食品中生产高度稳定的分散体。此外，α-乳白蛋白富含氨基酸半胱氨酸，其是谷胱甘肽以及神经递质血清素和神经分泌激素褪黑激素的构建组块，谷胱甘肽是在体内免疫中起重要作用的强大抗氧化剂，神经递质血清素和神经分泌激素褪黑激素发挥调节神经行为作用(如，食欲、睡眠-觉醒节律、痛知觉、情绪、焦虑和压力控制)。包含κ-酪蛋白的食品是期望的，因为κ-酪蛋白有助于溶解不溶性有机和无机分子(如，钙离子)以及不溶性蛋白，改善某些食品的口感，并且可形成凝胶和凝乳用于制作酸奶和其他产品。此外，κ-酪蛋白包含酶凝乳酶(rennet)活性的位点，这是制作奶酪的关键。此外，包含非过敏原性乳蛋白的食品是期望的，因为它们可被越来越多的对乳制品过敏的人食用。[0202]根据以上任一项的食品可以是或类似于选自美国健康和营养检查调查(nhanes)定义的任何食品类别的食品(即，可以是“替代食品”)，该类别包括，例如，零食和口香糖(如，零食棒、饼干、来自谷物产品的咸味零食、口香糖)；面包、谷物和意大利面(如，燕麦面包和面包卷、玉米面包、玉米松饼、玉米饼、面粉和干混料、饼干、杂粮面包和面包卷、全麦面包和面包卷、意大利面、黑麦面包和面包卷、碎麦面包和面包卷、白面包和面包卷)；饮料(如，啤酒和艾尔啤酒(ales)、浓缩饮料、饮料、能量饮料、运动饮料、补液、软饮料、碳酸饮料、果汁、酒、鸡尾酒、营养饮料、营养粉、富含蛋白的饮料)；糖果和甜点(如，蛋糕、糖果、薯片、曲奇、馅饼、面粉糕饼、糖霜(ices)或棒冰、松饼、馅饼、糖替换品或替代品、糖浆、蜂蜜、果冻、果酱、蜜饯、沙拉、薄饼、丹麦酥、早餐糕点、甜甜圈)；早餐食品(如，谷物、麦片、米饭、法式吐司、薄煎饼、华夫饼、咖啡蛋糕)；蛋(如，全蛋(如液体全蛋、喷雾干燥的全蛋、冷冻全蛋)、蛋清(如，液体蛋清、喷雾干燥的蛋清、冷冻蛋清)、蛋菜肴、蛋汤、用蛋清制成的混合物、蛋替代品、用鸡蛋替代品制成的混合物)；沙拉酱、油、调味酱、调味品(如，烹饪油脂、植物油、沙拉酱、番茄酱、肉汁)；马铃薯(如，马铃薯沙拉、马铃薯汤、薯片和薯条、炸马铃薯、马铃薯泥、马铃薯填馅、泡芙)；以及汤(如，蔬菜汤、蔬菜浓汤)、膳食、主菜、蛋白(如，肉类替代品)和海鲜。[0203]根据以上任一项的食品可以是或类似于乳制品产品(即，可以是“替代乳制品产品”)。[0204]根据上述任一项的食品除了包含在乳制品替代物中的乳蛋白组分中的乳蛋白之外，可不包含其他乳蛋白。[0205]根据上述任一项的食品可基本上不含饱和脂质，或包含少于3％、少于2％、少于1％、少于0.5％、或少于0.1％质量的饱和脂质。[0206]根据以上任一项的食品可基本上不含胆固醇，或包含少于1.5％、少于1％、少于0.5％、少于0.1％、或少于0.05％质量的胆固醇。[0207]根据上述任一项的食品可基本上不含乳化剂(如，本文公开的任何乳化剂)。[0208]根据上述任一项的食品可基本上不含乳糖。[0209]根据以上任一项的食品可具有与可比较的食品相比更低的过敏原性，如，例如相对于可比较的食品的过敏原性多达0％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％的过敏原性。[0210]根据上述任一项的组合物可基本上不含一种或多种蛋蛋白质(eggprotein)(如，本文公开的任何蛋蛋白质)。[0211]乳制品属性[0212]根据上述任一项的乳制品替代物或包含上述任一项的乳制品替代物的组合物具有分别由包含在乳制品替代物中的乳蛋白组分或由包含在组合物中的乳制品替代物赋予或实质性促成的乳制品属性。[0213]该属性可以是物理属性、机械属性、化学/生物属性、感官属性或功能属性，或它们的任何组合。[0214]可滴定以调节该属性的变量包括乳蛋白组分中所包含的乳蛋白的类型和/或量(如，本文提供的重组乳蛋白的类型和/或量、本文未提供的重组乳蛋白的类型和/或量、天然乳蛋白的类型和/或量)、组合物中所包含的其他成分的类型和/或量，以及乳制品替代物或组合物的制造方法。[0215]物理属性[0216]根据上述任一项的乳制品替代物或包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物具有的物理属性可以分别是乳制品产品的物理属性，或者是由乳赋予可比较组合物或实质性促成的物理属性，如，例如外观(如，颜色、半透明、不透明)、形状、结构、粘度、密度、溶解度、胶凝点/概况(profile)(即，凝胶形成开始的温度和时间线)，和/或熔解点/概况。[0217]外观可定性评估(如，由一组人类感官专家进行颜色评估)，或定量测量(如，通过l*a*b*颜色空间中的光谱分析来测量颜色)。形状可定性评估，或定量测量。结构可定性评估(如，通过目视检查)或使用显微术定量评分。粘度和胶凝点/概况可定性评估(如，通过处理过程中的流速或流动的容易程度，移动的容易程度)，或使用粘度计或流变仪定量测量(如，使用旋转粘度测量方法、毛细管粘度测量方法、振动粘度测量方法、超声波脉冲回波法、比重瓶法或液体比重测量法)。密度可通过密度计法定量测量。胶凝点/概况和溶解度可通过本领域已知的方法定量测量。熔解点可使用量热法定量测量。[0218]包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有这样的外观，该外观是由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的外观，如例如颜色(如，发白的颜色)，其与由乳赋予可比较的食品或实质性促成的颜色相似。[0219]可选择地，包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有这样的外观，该外观是与由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的外观不同的外观，如例如与由乳赋予可比较的食品或实质性促成的颜色不同的颜色。[0220]根据上述任一项的乳制品替代物可具有一种物理属性(如，以上公开的任何物理属性，如，例如溶解度)或两种或更多种物理属性的组合(如，上述公开的两种或更多种物理属性的任何组合)，所述物理属性为乳的这种物理属性的50％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、70％、或60％；60％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、或70％；70％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、或80％；80％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、或90％；90％至150％、140％、130％、120％、110％、或100％；100％至150％、140％、130％、120％、或110％；110％至150％、140％、130％、或120％；120％至150％、140％、或130％；130％至150％、或140％；或140％至150％，或者为乳的这种物理属性的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、或至少20倍。[0221]包含根据上述任一项的乳制品替代物的食品可具有一种物理属性(如，以上公开的任何物理属性)或两种或更多种物理属性的组合(如，以上公开的两种或更多种物理属性的任何组合)，所述物理属性为可比较的食品的这种物理属性的50％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、70％、或60％；60％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、或70％；70％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、或80％；80％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、或90％；90％至150％、140％、130％、120％、110％、或100％；100％至150％、140％、130％、120％、或110％；110％至150％、140％、130％、或120％；120％至150％、140％、或130％；130％至150％、或140％；或140％至150％，或是可比较的食品的这种物理属性的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍，至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、或至少20倍。[0222]机械属性[0223]根据上述任一项的乳制品替代物或包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有这样的机械属性，该机械属性分别是乳的机械属性，或由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的机械属性，如，例如硬度/坚度、粘附性、回复性(resilience)/可回收能量、结构完整性/粘结性、弹力/弹性/回弹(elasticity/springiness/rebound)、或咀嚼性/分解。[0224]机械属性可使用如质构分析仪定量测量(参见实施例3)。[0225]根据上述任一项的乳制品替代物可具有一种机械属性(如，以上公开的任何机械属性)或两种或更多种机械属性的组合(如，以上公开的两种或更多种机械属性的任何组合)，所述机械属性为乳的这种机械属性的50％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、70％、或60％；60％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、或70％；70％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、或80％；80％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、或90％；90％至150％、140％、130％、120％、110％、或100％；100％至150％、140％、130％、120％、或110％；110％至150％、140％、130％或120％；120％至150％、140％、或130％；130％至150％、或140％；或140％至150％，或是乳的这种机械属性的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、或至少20倍。[0226]包含根据上述任一项的乳制品替代物的食品可具有一种机械属性(如，以上公开的任何机械属性)或两种或更多种机械属性的组合(如，以上公开的两种或更多种机械属性的任何组合)，所述机械属性为可比较的食品的这种机械属性的50％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、70％、或60％；60％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、或70％；70％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％或80％；80％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、或90％；90％至150％、140％、130％、120％、110％、或100％；100％至150％、140％、130％、120％、或110％；110％至150％、140％、130％、或120％；120％至150％、140％、或130％；130％至150％，或140％；或140％至150％，或者是可比较的食品的这种机械属性的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍，至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、或至少20倍。[0227]化学/生物属性[0228]根据上述任一项的乳制品替代物或包含上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有以下化学/生物学属性，该化学/生物学属性分别是乳的化学/生物学属性或由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的化学/生物学属性，如，例如营养含量(如，蛋白的类型和/或量、氨基酸的类型和/或量、pdcaas、bv)、ph、吸收(如，从食品中吸收的蛋白的比例)、消化率(如，胃肠消化率)、氧化稳定性、或饱腹感调节。[0229]可使用本领域已知的分析方法评估营养含量，包括但不限于aoac国际参考方法aoac990.03和aoac992.15、电泳(如，sds-page)、液相柱色谱、免疫化学测试、或芯片上电泳(如，使用agilentprotein80试剂盒和agilent2100生物分析仪)来确定蛋白和氨基酸的类型和/或含量。或者，可从成分的营养含量计算化学/生物属性。[0230]根据上述任一项的乳制品替代物可包含3％至100％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、或5％；5％至100％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％；10％至100％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、或20％；20％至100％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、或30％；30％至100％、90％、80％、70％、60％、50％、或40％；40％至100％、90％、80％、70％、60％、或50％；50％至100％、90％、80％、70％、或60％；60％至100％、90％、80％、或70％；70％至100％、90％或80％；80％至100％、或90％；或90％至100％质量的蛋白。[0231]根据以上任一项的乳制品替代物可具有至少0.8、至少0.82、至少0.84、至少0.86、至少0.88、至少0.9、至少0.92、至少0.94、至少0.96、或至少0.98的pdcaas。[0232]根据以上任一项的乳制品替代物可包含5％至30％、25％、20％、15％、或10％；10％至30％、25％、20％、或15％；15％至30％、25％、或20％；20％至30％、或25％；或25％至30％的以干质量计的支链氨基酸。[0233]根据以上任一项的乳制品替代物可具有至少80、至少85、至少90、至少95、至少100、至少105、至少110、至少115、或至少120的bv。[0234]功能属性[0235]根据上述任一项的乳制品替代物或包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有这样的功能属性，该功能属性分别是乳的功能属性或由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的功能属性，如，例如起泡/发酵行为(如，起泡能力(即，形成泡沫的能力，其中本文所用的术语“泡沫”是指分散在固体或连续水相中的气泡)、泡沫屈服应力(即，开始泡沫中流动所需的应力)、泡沫稳定性(即，响应物理和/或化学条件的泡沫的半衰期)、泡沫析水(即，泡沫不稳定且水相开始从泡沫中排出的速率))、胶凝/增稠/凝结行为(如，胶凝能力(即，形成凝胶的能力，其中本文所用的术语“凝胶”是指具有填充有由氢键连接到蛋白分子的溶剂的空间的蛋白网络)、凝胶概况(如，凝胶能力随时间的曲线、作为温度函数的粘弹性参数)、凝胶强度(即，破坏指定区域的凝胶表面所需的机械力))，乳化行为(如，乳化能力(即，稳定乳液的能力或给定质量的样品可乳化而不失稳定的油的量)，乳液稳定性(即，在给定条件下产生的乳液的半衰期，如，例如给定的蛋白浓度、脂质浓度、ph、离子强度或制备方法))、水结合行为(如，水结合能力(即，结合水的能力)、水结合强度)，胶凝时的脱水收缩(即，随时间渗出的水)，聚集行为(如，聚集能力(即，形成沉淀的能力(即，基于蛋白分子之间的强相互作用和溶剂排除的紧密蛋白网络))、聚集稳定性(如，加热时、在各种ph、各种离子浓度下)、形成胶束的能力(即，作为组合物中的分散体存在且可封装一种或多种生物分子[如水、矿物质、维生素)的通常或大致球形的超分子结构)，与其他蛋白(如，其他乳蛋白)的相互作用，以及应用的多能性(即，可用于不同应用和生产多种组合物的潜力)。[0236]起泡/发酵行为可使用本领域已知的方法评估，包括例如，在限定条件(如，温度、ph、离子强度、蛋白浓度、碳水化合物浓度)下以指定速度搅动持续指定时间量之后测量由组合物形成的泡沫中并入的空气百分比，测量使给定质量的泡沫以液体排出或渗出的形式去稳定所需的时间，测量剪切下的屈服应力或在样品中开始流动所需的应力量，以及测量使用本文提供的乳制品替代物或乳生产的烘焙/烹饪食品的通气(airy)、轻薄质地的高度和程度。[0237]胶凝/增稠/凝结行为可使用本领域已知的方法评估，例如，测量组合物在限定条件(如，温度、ph、离子强度、蛋白浓度、碳水化合物浓度)下形成凝胶所需的时间，测量储存和弹性模量和相位角(在流变仪上以频率扫描获得)，以及测量凝胶对物理力和/或化学条件(如，搅拌、温度、ph、离子强度、蛋白浓度、糖浓度、离子强度)的抵抗性(参见，例如ikeda等人2000.biopolymers,56:109-119)。[0238]乳化行为可使用本领域已知的方法评估，包括，例如在限定条件(如，混合设备、混合速度、混合时间)下制备水包脂质乳液和随后测量脂质和水混合物中的相分离随时间的稳定性，测量乳脂化(creaming)或沉淀的速率，测量不透明度随时间的变化，或测量分散相粒度随时间的变化(参见，例如liang等人2013.foodhydrocolloids,33,297-308)。[0239]水结合行为可使用本领域已知的方法评估，包括，例如测量离心后由样品渗出的水量，其用于确定每质量蛋白结合的水量，或建立基于每质量蛋白结合的水质量作为蒸气压函数的水分吸附等温线。[0240]根据上述任一项的乳制品替代物可具有一种功能属性(如，以上公开的任何功能属性，包括起泡能力、泡沫屈服应力、泡沫稳定性、泡沫析水、胶凝能力、凝胶强度、聚集能力、聚集稳定性、形成胶束的能力、乳化能力、乳液稳定性、水结合能力和胶凝时的脱水收缩)，或两种或更多种功能属性的组合(如，以上公开的两种或更多种功能属性的任意组合)，所述功能属性为乳的这种功能属性的50％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、70％、或60％；60％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、80％、或70％；70％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、90％、或80％；80％至150％、140％、130％、120％、110％、100％、或90％；90％至150％、140％、130％、120％、110％、或100％；100％至150％、140％、130％、120％、或110％；110％至150％、140％、130％、或120％；120％至150％、140％、或130％；130％至150％、或140％；或140％至150％，或者是乳的这种功能属性的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、或至少20倍。[0241]根据上述任一项的乳制品替代物可具有类似于乳的应用多能性(即，以各种方式使用乳制品替代物和/或从乳制品替代物衍生多种其他组合物的能力)。这类应用多能性的非限制性实例是生产本文提供的任何食品，其包含乳制品替代物(如，酸奶、奶酪、奶油、黄油)和能够形成蛋白二聚体。[0242]感官属性[0243]根据上述任一项的乳制品替代物或包含根据上述任一项的乳制品替代物的组合物可具有这样的感官属性，该感官属性分别是乳的感官属性或由乳赋予可比较的组合物或实质性促成的感官属性，如，例如口味/风味、香味、或食用品质(如，脂肪性、乳脂性、浓郁度、油腻感、厚度、硬度/坚度、酥脆度、易碎性、松脆度、咀嚼性、咬开度、柔软度、紧实度、粘结性、粘性、颗粒感、光滑度、多汁性、湿润度、口腔内黏附感、舌头上的滑动感、粗糙度、磨蚀性、咬合和/或咀嚼的均匀性、弹性、质地、通气性(airiness)、用勺子经舌头取样品所需的力气)。[0244]感官属性可由一组感官专家定性地评估，或者衍生于影响质地和感官知觉的相关物理、机械、化学和/或功能属性(如，硬度/坚度、粘性、回复性/可回收能量、结构完整性/粘结性、弹力/弹性/回弹、咀嚼性/分解、密度、粘度、固体颗粒的含量/大小/形状、水结合)。[0245]包含根据上述任一项的乳制品替代物的食品可具有与由乳赋予可比较食品或实质性促成的感官特性相似的感官属性(如，口味/风味、食用品质)。[0246]备选地，包含根据上述任一项的乳制品替代物的食品可具有与由乳赋予可比较食品或实质性促成的感官特性不同的感官属性(如，口味/风味、食用品质)，如，例如非乳的口味/风味或中性口味/风味(即，不影响食品的口味/风味)。[0247]生产具有非天然ptm的重组乳蛋白的方法[0248]另一方面，本文提供了用于生产如本文提供的乳制品替代物的方法。该方法包括获得一种或多种天然和/或重组乳蛋白的步骤，所述乳蛋白包括具有如本文提供的一种或多种非天然ptm的一种或多种重组乳蛋白。[0249]重组乳蛋白可通过在培养基中在适合产生和/或分泌重组乳蛋白的条件下培养包含编码重组乳蛋白的重组多核苷酸(如，重组载体)的合适的重组宿主细胞来获得。该方法还可包括以下步骤：a)获得编码乳蛋白的重组多核苷酸，并将重组多核苷酸导入宿主细胞获得重组宿主细胞；和/或b)分离(即，纯化)重组乳蛋白；和/或c)后加工重组乳蛋白。[0250]备选地，可使用体外方法(如，使用无细胞转录和/或翻译系统)获得重组乳蛋白。[0251]天然乳蛋白可从乳中分离。从天然来源分离蛋白的方法是已知的并且用于生产蛋白分离物、蛋白浓缩物、蛋白粉和部分纯化或纯化的蛋白。[0252]重组多核苷酸[0253]重组宿主细胞所包含的重组多核苷酸可通过本领域已知的任何合适的方法制备，包括但不限于直接化学合成和克隆。[0254]重组多核苷酸通常包含一个或多个表达盒，其中各表达盒包含：启动子(如，真菌启动子)、可选的信号序列(即，编码肽的序列，该肽介导将附着在该肽上的新生蛋白递送至合成新生蛋白的细胞的外部(即，编码介导重组蛋白分泌的肽的序列))、编码乳蛋白的序列以及终止序列(或多个终止序列)，其中启动子以有义方向与可选的信号序列可操作地连接(即，启动子和可选的信号序列及编码乳蛋白的后续序列的位置处于使得启动子可有效调节可选的信号序列和编码乳蛋白的序列的转录)，可选的信号序列在有义方向上可操作地连接至编码乳蛋白的序列(即，信号序列和编码乳蛋白的序列的位置处于使得转录和翻译产生包含功能性信号序列的乳蛋白)，并且终止序列与编码乳蛋白的序列可操作连接(即，编码乳蛋白的序列和终止序列的位置处于使得终止子有效终止可选的信号序列和编码乳蛋白的序列的转录)。[0255]启动子可以是在重组宿主细胞中有功能的任何合适的启动子。在一些实施方案中，启动子是组成型启动子。在其他实施方案中，启动子是诱导型启动子或抑制型启动子(如，在葡萄糖、半乳糖、乳糖、蔗糖、纤维素、槐糖、龙胆二糖、山梨糖、诱导纤维素酶启动子的二糖、淀粉、色氨酸、或磷酸盐存在下被诱导或抑制的启动子)。[0256]用于重组真菌宿主细胞的合适启动子的非限制性实例包括编码以下任何蛋白的基因的启动子及其功能性部分：葡糖淀粉酶(例如，黑曲霉(aspergillusniger)、泡盛曲霉(aspergillusawamori)、日本曲霉(aspergillusjaponicus)、塔宾曲霉(aspergillustubingensis)、臭曲霉(aspergillusfoetidus)或炭黑曲霉(aspegilluscarbonarius)的glaa)，淀粉酶(例如，米曲霉(aspergillusoryzae)taka淀粉酶、黑曲霉中性α-淀粉酶、黑曲霉酸稳定α-淀粉酶、真菌α-淀粉酶[amy]、细菌α-淀粉酶)，蛋白酶(例如，米黑根毛霉(rhizomucormiehei)天冬氨酸蛋白酶、米曲霉碱性蛋白酶、尖孢镰刀菌(fusariumoxysporum)胰蛋白酶样蛋白酶、里氏木霉(trichodermareesei)蛋白酶)，脂肪酶(例如，米黑根毛霉脂肪酶)，异构酶(例如，米曲霉丙糖磷酸盐异构酶，真菌丙糖磷酸盐异构酶[tpi]、酵母丙糖磷酸盐异构酶)，乙酰胺酶(例如，构巢曲霉(aspergillusnidulans)或米曲霉或其他真菌乙酰胺酶[amds])，脱氢酶(例如，真菌醇脱氢酶[adha]，真菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶[gpd]，酵母醇脱氢酶)，木聚糖酶(例如，真菌木聚糖酶[xlna]，木霉木聚糖酶[xyn1,xyn2,bxl1])，激酶(例如，酵母3-磷酸甘油酸激酶)，水解酶(例如，真菌纤维二糖水解酶i[cbh1]，木霉水解酶[cbh2,egl1,egl2]])，磷酸酶(例如镰刀菌酸性磷酸酶)和其他真菌蛋白(例如，真菌内切α-l-阿拉伯糖酶[abna]、真菌α-l-阿拉伯呋喃糖苷酶a[abfa]、真菌α-l-阿拉伯呋喃糖苷酶b[abfb]、真菌肌醇六磷酸酶、真菌atp-合成酶、真菌亚基9[olic]、真菌孢子形成特异性蛋白[spo2]、真菌sso、酵母醇氧化酶、酵母乳糖酶、粗糙脉孢菌(neurosporacrassa)cpc1、构巢曲霉trpc、真菌几丁质分解酶[例如内切和外切几丁质酶、beta-葡聚糖酶]、真菌vamp相关蛋白[vap]、真菌翻译延伸因子[tef1]、真菌dna损伤应答蛋白[ddrp]、真菌[例如镰刀菌或粗糙脉孢菌]六角形过氧化物酶体[hex1]、真菌[例如粗糙脉孢菌]过氧化氢酶)，和在重组真菌宿主细胞中在高水平下产生的任何其他蛋白质。[0257]用于重组细菌或酵母宿主细胞的合适启动子的非限制性实例包括编码以下任何蛋白的基因的启动子及其功能性部分：lac4、t7聚合酶、tac、gal1、λpl、λpr、β-内酰胺酶、spa、cyc1、tdh3、gpd、tef1、eno2、pgl1、gap、suc2、adh1、adh2、hxt7、pho5、clb1、aox1、纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶、木聚糖酶和在重组细菌或酵母宿主细胞中以高水平产生的任何其他蛋白，如，例如应激(如，热休克)应答基因(如，hac1、bip)的启动子。[0258]信号序列可以是在重组宿主细胞中有功能的任何合适的信号序列。用于重组真菌宿主细胞的合适信号序列的非限制性实例包括来自里氏木霉的信号序列(如，cbh1、cbh2、egl1、egl2、xyn1、xyn2、bxl1、hfb1或hfb2的信号序列)、来自黑曲霉的信号序列(如，glaa、amya、amyc或aama的信号序列)、来自酵母的信号序列(如，α交配因子[mfa]的信号序列)及其功能部分。用于重组酵母宿主细胞的合适信号序列的非限制性实例包括来自酵母的信号序列(如，α交配因子[mfa]的信号序列)及其功能部分。[0259]终止序列可以是在重组宿主细胞中有功能的任何合适的终止序列。用于重组真菌宿主细胞的合适的终止序列的非限制性实例包括但不限于，米曲霉(如，taka淀粉酶基因的终止序列)、黑曲霉(如，glaa、gpda、aama、trpc、pdc1、adh1、amds或tef1基因的终止序列)、尖孢镰刀菌(如，丝氨酸蛋白酶[胰蛋白酶]基因的终止序列)、里氏木霉(如，cbh1、pdc1、tef1、gpd1、xyn1或adh1基因的终止序列)、毕赤酵母(如，aox1、gap1、adh1、tef1、tps1或pgk1基因的终止序列)、酿酒酵母(如，adh1、cyc1、gal1、tef1、pdc1、pgk1或tps1基因的终止序列)的终止序列、合成终止序列，以及以上列出的序列的任意组合。用于重组酵母宿主细胞的合适的终止序列的非限制性实例包括但不限于pgk1和tps1终止序列。[0260]重组多核苷酸还可包括其他元件。这类其他元件的非限制性实例包括增强子序列、应答元件、蛋白识别位点、诱导型元件、蛋白结合序列、5'和3'非翻译区、聚腺苷酸化序列、内含子、复制起点、操纵子(即，与包含蛋白结合结构域的启动子相邻的多核苷酸，其中阻遏蛋白可结合并降低或消除启动子的活性)以及选择标志物(即，编码可补充宿主细胞营养缺陷、提供抗生素抗性或导致颜色变化的蛋白的基因)。这类元件在本领域中是已知的。复制起点的非限制性实例包括ama1和ansi。合适的选择标志物的非限制性实例包括amds(乙酰胺酶)、argb(鸟氨酸氨基甲酰基转移酶)、bar(草丁膦乙酰转移酶)、hph(潮霉素磷酸转移酶)、niad(硝酸还原酶)、pyrg(乳清苷5'-磷酸脱羧酶)、sc(硫酸腺嘌呤转移酶)和trpc(邻氨基苯甲酸合酶)及其衍生物。在一些实施方案中，选择标志物包含减少选择性标志物的产生的改变，从而增加允许包含多核苷酸的宿主细胞在选择下存活所需的拷贝数。[0261]在重组多核苷酸包含两个或更多个表达盒的实施方案中，可操作连接的启动子、可选的信号序列、编码多肽终止序列的序列和可选的其他元件在两个或更多个表达盒之间可以相同或不同。[0262]重组宿主细胞[0263]将重组多核苷酸引入宿主细胞以获得重组宿主细胞的方法是本领域公知的。这类方法的非限制性实例包括磷酸钙转染、树枝状聚合物(dendrimer)转染、脂质体转染(如，阳离子脂质体转染)、阳离子聚合物转染、细胞挤压、声孔效应、光学转染、原生质体融合、穿刺转染、流体动力学递送、基因枪、磁转染、病毒转导、电穿孔和化学转化(如，使用peg)。[0264]重组多核苷酸可在重组宿主细胞中的染色体外的表达载体(即，转导、转化或感染宿主细胞并使其表达非宿主细胞天然的多核苷酸和/或多肽或以宿主细胞非天然的方式表达多核苷酸和/或多肽的多核苷酸)上维持，或可稳定地整合到重组宿主细胞的基因组(如，染色体)中。为了整合到基因组中，重组多核苷酸可包含用于通过同源(即，靶向整合)或非同源重组整合到基因组中的序列。重组多核苷酸可包含与重组宿主细胞基因组中的靶序列高度同源的至少100、至少250、至少500、至少750、至少1,000或至少10,000个碱基对以增强同源重组的概率。这种高度同源的序列可以是非编码的或编码的。可将多于一个拷贝的重组多核苷酸插入重组宿主细胞以增加重组乳蛋白的产生。[0265]重组宿主细胞可获自从任何生物体获得的宿主细胞，包括但不限于任何动物、植物、藻类真菌(如，酵母、丝状真菌)或细菌，以及任何一般认为安全(gras)的工业菌株。[0266]合适植物的非限制性实例包括苏铁、银杏、针叶树、柏树、杜松、金钟柏、雪松、松树、当归、葛缕子、芫荽、小茴香、茴香、欧芹、莳萝、蒲公英、蜡菊、金盏花、艾蒿、红花、甘菊、生菜、苦艾、金盏花、香茅、鼠尾草、百里香、野鼠尾草籽、芥末、橄榄、咖啡、辣椒、茄子、红辣椒、蔓越莓、猕猴桃、蔬菜(例如胡萝卜、芹菜)、万寿菊、艾菊、龙蒿、向日葵、冬青树、罗勒、牛膝草、熏衣草、柠檬马鞭草、马郁兰、蜜蜂花、广霍香、薄荷油、薄荷、迷迭香、芝麻、留兰香、报春花、翅果、胡椒、甘椒树、马铃薯、甘薯、番茄、蓝莓、茄科植物、矮牵牛花、牵牛花、丁香、茉莉、金银花、金鱼草、欧车前、土荆芥属植物、荞麦、苋菜、莙荙菜、藜麦、菠菜、大黄、荷荷巴油、cypselea、小球藻、马鲁拉树、榛子、芥花、羽衣甘蓝、白菜、芜菁甘蓝、乳香、没药、榄香脂、汉麻、南瓜、西葫芦、葫芦、树薯、黄檀、豆类植物(例如苜蓿、扁豆、黄豆、三叶草、豌豆、蚕豆、frijolebolaroja、frijolenegro、胡枝子、甘草、羽扇豆、牧豆树、角豆树、大豆、花生、罗望子树、紫藤、决明子、鸡心豆/鹰嘴豆、胡卢巴、绿豌豆、黄豌豆、糖荚豌豆、利马豆、蚕豆)、天竺葵、亚麻、石榴、棉花、秋葵、印度楝、无花果、桑树、丁香、桉树、茶树、绿花白千层、结果类植物(例如苹果、杏、桃、李、梨、油桃)、草莓、黑莓、覆盆子、樱桃、洋李、玫瑰、橘、柑橘类(例如葡萄柚、柠檬、酸橙、橙子、苦橙、柑橘、柑桔)、芒果、佛手柑、布枯、葡萄、西兰花、抱子甘蓝、亚麻荠、花椰菜、油菜、油菜籽(芥花)、萝卜、卷心菜、黄瓜、西瓜、蜜瓜、绿皮西葫芦、桦木、胡桃、木薯、猴面包树、多香果、杏仁、面包果、檀香木、澳洲坚果、芋头、晚香玉、芦荟、大蒜、洋葱、葱、香草、丝兰、香根草、高良姜、大麦、玉米、郁金、生姜、柠檬草、燕麦、棕榈、菠萝、大米、黑麦、高粱、小黑麦、姜黄、山药、竹子、大麦、白千层、美人蕉、小豆蔻、玉米、燕麦、小麦、肉桂、黄樟、桂皮钓樟、月桂树、鳄梨、依兰、肉豆蔻干皮、肉豆蔻、辣木、马尾、牛至、香菜、山萝卜、细香葱、聚合果、谷物植物、草药植物、叶类蔬菜、非谷物豆类植物、坚果植物、肉质植物、陆生植物、水生植物、黄檀(delbergia)、小米、核果、裂果、开花植物、非开花植物、栽培植物、野生植物、树木、灌木、花卉、草、草本植物、灌木丛、藤本植物、仙人掌、热带植物、亚热带植物、温带植物以及苔藓(例如小立碗藓(physcomitrellapatens))。[0267]合适的藻类的非限制性实例包括以下任何属的成员及其衍生物或杂交物：红藻、褐藻、绿藻、微藻、不动杆菌属(acinetobacter)、曲壳藻属(如，东方曲壳藻(achnanthesorientalis))、阿格门氏藻(agmenellum)、翅藻属(alaria)(如，alariamarginata)、茧形藻属(amphiprora)(如，透明茧形藻(amphorahyaline))、双眉藻属(如，咖啡形双眉藻(amphoracoffeiformis)、咖啡形双眉藻线性变种(amphoracoffeiformislinea)、咖啡形双眉藻斑点变种(amphoracffeiformispunctate)、咖啡形双眉藻泰勒氏变种(amphoracoffeiformistaylori)、咖啡形双眉藻细薄变种(amphoracoffeiformistenuis)、优美双眉藻(amphoradelicatissima)、优美双眉藻头状变种(amphoradelicatissimacapitalta)、双眉藻属物种)、项圈藻(anabaena)、anlipus(如，analipusjaponicus)、纤维藻属(ankistrodesmus)(如，镰形纤维藻(ankistrodesmusfalcatus))、泡叶藻(ascophyllum)(如，结节性泡叶藻(ascophyllumnodosum))、boekelovia(如，boekeloviahooglandii)、包特氏菌属(borodinella)(如，包特氏菌属物种)、葡萄藻属(botryococcus)(如，布朗葡萄藻(botryococcusbraunii)、botryococcussudeticus)、四鞭藻属(carteria)、角毛藻属(chaetoceros)(如，纤细角毛藻(chaetocerosgracilis)、牟氏角毛藻(chaetocerosmuelleri)、牟氏角毛藻subsalsum变种、角毛藻属物种)、小球藻属(chlorella)(如，无硝小球藻(chlorellaanitrata)、南极小球藻(chlorellaantarctica)、金绿小球藻(chlorellaaureoviridis)、chlorellacandida、包囊小球藻(chlorellacapsulate)、脱水小球藻(chlorelladesiccate)、椭圆小球藻(chlorellaellipsoidea)、浮水小球藻(chlorellaemersonii)、淡褐小球藻(chlorellafusca)、淡褐小球藻vacuolata变种、chlorellaglucotropha、水溪小球藻(chlorellainfusionum)、水溪小球藻actophila变种、水溪小球藻auxenophila变种、凯氏小球藻(chlorellakessleri)、匍扇小球藻(chlorellalobophora)(sag37.88株系)、黄绿小球藻(chlorellaluteoviridis)、黄绿小球藻aureoviridis变种、黄绿小球藻lutescens变种、chlorellaminiata、微小小球藻(chlorellaminutissima)、chlorellamutabilis、chlorellanocturna、chlorellaparva、嗜光小球藻(chlorellaphotophila)、chlorellapringsheimii、原始小球藻(chlorellaprotothecoides)、原始小球藻耐酸(acidicola)变种、chlorealla、规则小球藻(chlorellaregularis)、规则小球藻小型(minima)变种、规则小球藻小型umbricata变种、chlorellareisiglii、嗜糖小球藻(chlorellasaccharophila)、嗜糖小球藻椭圆(ellipsoidea)变种、盐生小球藻(chlorellasalina)、简单小球藻(chlorellasimplex)、chlorellasorokiniana、小球藻物种(chlorellasp.)、球形小球藻(chlorellasphaerica)、chlorellastigmatophora、chlorellavanniellii、普通小球藻(chlorellavulgaris)、普通小球藻(chlorellavulgaris)、普通小球藻粗皮(f.tertia)变种、普通小球藻自养(autotrophica)变种、普通小球藻绿色(viridis)变种、普通小球普通(vulgaris)变种、普通小球藻普通粗皮(vulgarisf.tertia)变种、普通小球藻普通绿色(vulgarisf.viridis)变种、chlorellaxanthella、chlorellazofingiensis、chlorellatrebouxioides、普通小球藻(chlorellavulgaris))、绿球藻属(chlorococcum)(如，水溪绿球藻(chlorococcuminfusionum)、绿球藻属物种)、绿梭藻属(chlorogonium)、角叉菜属(chondrus)(如，chondruscrispus、chondrusocellatus)、蓝隐藻属(chroomonas)(如，蓝隐藻属物种)、金球藻属(chrysosphaera)(如，金球藻属物种)、球钙板藻属(cricosphaera)(如，球钙板藻属物种)、隐藻属(cryptomonas)(如，隐藻属物种)、小环藻属(cyclotella)(如，隐蔽小环藻(cyclotellacryptica)、梅尼小环藻(cyclotellameneghiniana)、小环藻属物种)、杜氏藻属(dunaliella)(如，杜氏藻属物种、dunaliellabardawil、dunaliellabioculata、颗粒状杜氏藻(dunaliellagranulate)、海洋杜氏藻(dunaliellamaritime)、微小杜氏藻(dunaliellaminuta)、巴夫杜氏藻(dunaliellaparva)、dunaliellapeircei、dunaliellaprimolecta、盐生杜氏藻(dunaliellasalina)、dunaliellaterricola、chevalieri)、糖化酵母(saccharomycesdiastaticus)、葡萄酒酵母(saccharomycesellipsoideus)、少孢酵母(saccharomycesexiguus)、saccharomycesflorentinus、脆壁酵母(saccharomycesfragilis)、巴氏酵母(saccharomycespastorianus)、裂殖粟酒酵母(saccharomycespombe)、清酒酵母(saccharomycessake)、葡萄汁酵母(saccharomycesuvarum))、掷孢酵母属(sporobolomyces)(如，粉红掷孢酵母(sporobolomycesroseus))、锁孢酵母属(sporidiobolus)(如，约翰逊锁掷酵母(约翰逊锁掷酵母)、鲑色锁掷酵母(sporidiobolussalmonicolor))，丝孢酵母属(trichosporon)(如，trichosporoncacaoliposimilis、trichosporonoleaginosus新种、trichosporoncacaoliposimilis新种、trichosporongracile、trichosporondulcetum、trichosporonjirovecii、trichosporoninsectorum)、法夫酵母属(xanthophyllomyces)(如，xanthophyllomycesdendrorhous)、耶氏酵母属(yarrowia)(如，解脂耶氏酵母(yarrowialipolytica))、以及接合酵母属(zygosaccharomyces)(如，鲁氏接合酵母(zygosaccharomycesrouxii))。[0269]合适的丝状真菌的非限制性实例包括对当性(holomorphic)、有性型(teleomorphic)和变形(anamorphic)形式的真菌，包括以下任何属的成员及其衍生物或杂交物：枝顶孢属(acremonium)(如，亚拉巴马枝顶孢(acremoniumalabamense))、曲霉属(如，棘孢曲霉(aspergillusaculeatus)、泡盛曲霉(aspergillusawamori)、棒曲霉(aspergillusclavatus)、黄曲霉(aspergillusflavus)、臭曲霉(aspergillusfoetidus)、烟曲霉(aspergillusfumigatus)、日本曲霉(aspergillusjaponicus)、构巢曲霉、黑曲霉、黑曲霉泡盛(awamori)变种、褐黄曲霉(aspergillusochraceus)、米曲霉、酱油曲霉(aspergillussojae)、土曲霉(aspergillusterreus)、以及翘孢霉属(emericella)、新萨托菌属(neosartorya)和石座菌属(petromyces)物种)、短梗霉属(aureobasidium)、canariomyces、毛壳菌属(chaetomium)、chaetomidium、棒囊壳属(corynascus)、金孢霉属(chrysosporium)(如，葡萄状金孢霉(chrysosporiumbotryoides)、chrysosporiumcarmichaeli、chrysosporiumcrassitunicatum、chrysosporiumeuropae、chrysosporiumevolceannui、chrysosporiumfarinicola、chrysosporiumfastidium、丝状金孢霉(chrysosporiumfiliforme)、chrysosporiumgeorgiae、chrysosporiumglobiferum、chrysosporiumglobiferumarticulatum变种、chrysosporiumglobiferumniveum变种、chrysosporiumhirundo、chrysosporiumhispanicum、霍氏金孢霉(chrysosporiumholmii)、chrysosporiumindicum、chrysosporiumiops、chrysosporiumkeratinophilum、chrysosporiumkreiselii、chrysosporiumkuzurovianum、chrysosporiumlignorum、chrysosporiumobatum、chrysosporiumlucknowense、chrysosporiumlucknowensegarg27k、中型金孢霉(chrysosporiummedium)、中型金孢霉spissescens变种、chrysosporiummephiticum、chrysosporiummerdarium、chrysosporiummerdariumroseum变种、小金孢霉(chrysosporiumminor)、chrysosporiumpannicola、chrysosporiumparvum、chrysosporiumparvumcrescens变种、chrysosporiumpilosum、chrysosporiumpseudomerdarium、chrysosporiumpyriformis、chrysosporiumqueenslandicum、chrysosporiumsigleri、chrysosporiumsulfureum、chrysosporiumsynchronum、chrysosporiumtropicum、chrysosporiumundulatum、chrysosporiumvallenarense、chrysosporiumvespertilium、chrysosporiumzonatum)、coonemeria、小克银汉霉属(cunninghamella)(如，cunninghamellaehinulata)、dactylomyces、翘孢霉属(emericella)、filibasidium、镰刀菌属(fusarium)(如，串珠镰刀菌(fusariummoniliforme)、fusariumvenenatum、尖孢镰刀菌(fusariumoxysporum)、禾谷镰刀菌(fusariumgraminearum)、层生镰刀菌(fusariumproliferatum)、fusariumverticiollioides、黄色镰刀菌(fusariumculmorum)、克地镰刀菌(fusariumcrookwellense)、梨孢镰刀菌(fusariumpoae)、拟枝镰刀菌(fusariumsporotrichioides)、fusariumsambuccinum、fusariumtorulosum、以及其相关的赤霉菌属(gibberella)有性型形式)、赤霉菌属(gibberella)、腐质霉属(humicola)、肉座菌属(hypocrea)、香菇属(lentinula)、malbranchea(如，malbrancheafilamentosa)、稻瘟菌属(magnaporthe)、malbranchium、melanocarpus、被孢霉属(mortierella)(如，mortierellaalpina1s-4、灰黄色被孢霉(mortierallaisabelline)、mortierrlavinacea、mortierallavinaceaeraffinoseutilizer变种)、毛霉属(mucor)(如，米黑毛霉(mucormiehei)cooneyetemerson(米黑毛霉(cooney&r.emerson))schipper、mucorpusilluslindt、卷枝毛霉(mucorcircinelloides)、大毛霉(mucormucedo))、毁丝霉属(myceliophthora)(如，嗜热毁丝霉(myceliophthorathermophila))、漆斑菌属(myrothecium)、新美鞭菌属(neocallimastix)、脉孢菌属(neurospora)(如，粗糙脉孢菌)、拟青霉属(paecilomyces)、青霉属(penicillium)(如，产黄青霉(penicilliumchrysogenum)、pennicilliumiilacinum、娄地青霉(penicilliumroquefortii))、phenerochaete、射脉菌属(phlebia)、瘤胃壶菌属(piromyces)、腐霉属(pythium)、根霉属(rhizopus)(如，雪白根霉(rhizopusniveus))、裂褶菌属(schizophyllum)、柱顶孢霉(scytalidium)、孢子丝菌属(sporotrichum)(如，sporotrichumcellulophilum)、韧革菌属(stereum)、踝节菌属(talaromyces)、热子囊菌属(thermoascus)、嗜热真菌属(thermomyces)、梭孢壳属(thielavia)(如，thielaviaterrestris)、弯颈霉属(tolypocladium)、以及木霉属(如，哈茨木霉(trichodermaharzianum)、康氏木霉(trichodermakoningii)、长枝木霉(trichodermalongibrachiatum)、里氏木霉、深绿木霉(trichodermaatroviride)、绿木霉(trichodermavirens)、橘绿木霉(trichodermacitrinoviride)、绿色木霉(trichodermaviride))。[0270]合适的细菌的非限制性实例包括厚壁菌门(firmicute)、蓝藻门(cyanobacteria)(蓝绿藻)、颤藻亚目(oscillatoriophcideae)、芽孢杆菌目(bacillales)、乳杆菌目(lactobacillales)、颤藻目(oscillatoriales)、芽孢杆菌科(bacillaceae)、乳杆菌科(lactobacillaceae)以及以下任何属的成员及其衍生物和杂交物：不动杆菌属(acinetobacter)、醋杆菌属(acetobacter)(如，亚氧化醋杆菌(acetobactersuboxydans)、木醋杆菌(acetobacterxylinum))、游动放线菌属(actinoplane)(如，密苏里游动放线菌(actinoplanemissouriensis))、节旋藻属(arthrospira)(如，钝顶节旋藻(arthrospiraplatensis)、最大节旋藻(arthrospiramaxima))、芽孢杆菌属(bacillus)(如，蜡样芽孢杆菌(bacilluscereus)、凝结芽孢杆菌(bacilluscoagulans)、地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)、嗜热脂肪芽孢杆菌(bacillusstearothermophilus)、枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis))、大肠杆菌属(escherichia)(如，大肠杆菌)、乳杆菌属(lactobacillus)(如，嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)、保加利亚乳杆菌(lactobacillusbulgaricus))、乳球菌属(lactococcus)(如，乳酸乳球菌(lactococcuslactis)、乳酸乳球菌蓝氏(lancefield)分群n、罗伊氏乳杆菌(lactobacillusreuteri))、明串珠菌属(leuconostoc)(如，柠胶明串珠菌(leuconostoccitrovorum)、葡聚糖明串珠菌(leuconostocdextranicum)、肠膜明串珠菌(leuconostocmesenteroides))、微球菌属(如，溶壁微球菌(micrococcuslysodeikticus))、红球菌属(rhodococcus)(如，混浊红球菌(rhodococcusopacus)、混浊红球菌pd630株)、螺旋藻属(spirulina)、链球菌属(streptococcus)(如，乳脂链球菌(streptococcuscremoris)、乳酸链球菌(streptococcuslactis)、乳酸链球菌双乙酰亚种(streptococcuslactissubspeciesdiacetylactis)、嗜热链球菌(streptococcusthermophilus))、链霉菌(streptomyces)(如，恰塔努加链霉菌(streptomyceschattanoogensis)、灰色链霉菌(streptomycesgriseus)、纳塔尔链霉菌(streptomycesnatalensis)、streptomycesolivaceus(橄榄色链霉菌)、产橄榄色链霉菌(streptomycesolivochromogenes)、锈霉链霉菌(streptomycesrubiginosus))、tetrahymena(四膜虫属)(如，嗜热四膜虫(tetrahymenathermophile)、tetrahymenahegewischi、tetrahymenahyperangularis、tetrahymenamalaccensis、tetrahymenapigmentosa、梨形四膜虫(tetrahymenapyriformis)、tetrahymenavorax)、以及黄单胞菌属(xanthomonas)(如，野油菜黄单胞菌(xanthomonascampestris))。[0271]重组宿主细胞可进一步包含提高重组乳蛋白的产生的遗传修饰。合适的遗传修饰的非限制性实例包括改变的启动子、改变的激酶活性、改变的磷酸酶活性、改变的蛋白折叠活性、改变的蛋白分泌活性和改变的基因表达诱导途径。[0272]重组宿主细胞还可具有降低或基本上消除的蛋白酶活性，从而使重组乳蛋白的降解最小化(参见，例如pct申请wo96/29391)。具有降低或基本消除的蛋白酶活性的重组宿主细胞可通过突变体的筛选或通过按照本领域已知方法的特定遗传修饰来获得。[0273]重组宿主细胞还可包含天然或重组糖基转移酶。合适的内源性或重组糖基转移酶的非限制性实例包括岩藻糖基转移酶、半乳糖基转移酶、葡糖基转移酶、木糖基转移酶、乙酰化酶、葡糖醛酸基转移酶、葡糖醛酸差向异构酶、唾液酸转移酶、甘露糖基转移酶、磺基转移酶、β-乙酰半乳糖氨基转移酶、以及n-乙酰葡糖氨基转移酶。[0274]重组宿主细胞还可包含天然或重组激酶或磷酸酶。合适的天然或重组激酶或磷酸酶的非限制性实例包括蛋白激酶a、蛋白激酶b、蛋白激酶c、肌酸激酶b、蛋白激酶cβ、蛋白激酶g、tmka、fam20激酶(如，fam20c)、atm、cam-ii、cdc2、cdk5、ck1、ckii、dnapk、egfr、gsk3、insr、p38mapk、rsk、src、磷酸转移酶、碱性磷酸酶(如，uniprotkb-o77578)、酸性磷酸酶等(参见，例如kabir&kazi.2011.genetmolbiol.34(4):587)。[0275]培养重组宿主细胞[0276]用于产生本文提供的重组乳蛋白的合适条件是重组宿主细胞可以生长和/或保持存活并产生本文提供的重组乳蛋白的条件。合适条件的非限制性实例包括合适的培养基(如，具有合适的营养含量[如，合适的碳含量、合适的氮含量、合适的磷含量]、合适的补充剂含量、合适的痕量金属含量、合适的ph值的培养基)、合适的温度、合适的进料速率、合适的压力、合适的氧合水平、合适的发酵持续时间(即，包含重组宿主细胞的培养基体积)、合适的发酵体积(即，包含重组宿主细胞的培养基体积)和合适的发酵容器。[0277]合适的培养基包括重组宿主细胞可在其中生长和/或保持存活并产生本文提供的重组乳蛋白的所有培养基。通常，培养基是包含碳源、可吸收的氮源(即，能够以适合重组宿主细胞代谢利用的形式释放氮的含氮化合物)和磷酸的水性培养基。[0278]碳源的非限制性实例包括单糖、二糖、多糖、乙酸盐、乙醇、甲醇、甘油、甲烷及其组合。单糖的非限制性实例包括右旋糖(葡萄糖)、果糖、半乳糖、木糖、阿拉伯糖及其组合。二糖的非限制性实例包括蔗糖、乳糖、麦芽糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。多糖的非限制性实例包括淀粉、糖原、纤维素、直链淀粉、半纤维素、麦芽糊精及其组合。[0279]根据上述任一项的方法可包括在包含由葡萄糖组成的碳源的培养基中培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白在一个或多个氨基酸残基t4上具有非天然o-连接的糖基化。根据上述任一项的方法可包括在包含由葡萄糖组成的碳源的培养基中培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白在氨基酸残基t97上具有非天然o-连接的糖基化。根据上述任一项的方法可包括在包含由乳糖和麦糟组成的碳源的培养基中培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的β-乳球蛋白在氨基酸残基t97上具有非天然o-连接的糖基化。根据上述任一项的方法可包括在包含由葡萄糖组成的碳源的培养基中培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白在氨基酸残基s27、t6、t97、s116和t125的一个或多个上具有非天然o-连接的糖基化。根据上述任一项的方法可包括在包含由乳糖和麦糟组成的碳源的培养基中培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白在氨基酸残基s27、t6、t97、s116和t125的一个或多个上具有非天然o-连接的糖基化。[0280]可吸收的氮源的非限制性实例包括无水氨、硫酸铵、氢氧化铵、硝酸铵、磷酸二铵、磷酸一铵、焦磷酸铵、氯化铵、硝酸钠、尿素、蛋白胨、蛋白水解物、玉米浆液体、玉米浆固体、麦糟、麦糟提取物和酵母提取物。使用氨便于大规模操作，可通过水性发酵液(发酵培养基)进行适量的鼓泡来使用。同时，这种氨也可用于辅助ph控制。[0281]培养基可进一步包含无机盐、矿物质(如，镁、钙、钾、钠；例如，以合适的可溶可吸收的离子和组合形式)、金属或过渡金属(如，铜、锰、钼、锌、铁、硼、碘；例如，以合适的可溶可吸收的形式)、维生素、以及任何其他营养或功能成分(如，可防止重组乳蛋白降解的蛋白酶[如，基于植物的蛋白酶]，可降低可降解重组乳蛋白的蛋白酶的活性的蛋白酶抑制剂，和/或可吸走蛋白酶活性的牺牲蛋白、消泡剂、抗微生物剂、表面活性剂、乳化油)。[0282]合适的培养基可从商业供应商处获得或可根据公开的组成制备(如，在美国典型培养物保藏中心的目录中)。[0283]合适的ph值可以是2至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、4、3.5、3或2.5；2.5至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、4、3.5或3；3至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、4或3.5；3.5至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、或4；4至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、4.6、或4.5；4.5至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、4.7、或4.6；4.6至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9、4.8、或4.7；4.7至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、4.9或4.8；4.8至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、5、或4.9；4.9至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、5.1、或5；5至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、5.2、或5.1；5.1至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、5.3、或5.2；5.2至8、7.5、7、6.5、6、5.5、5.4、或5.3；5.3至8、7.5、7、6.5、6、5.5、或5.4；5.4至8、7.5、7、6.5、6、或5.5；5.5至8、7.5、7、6.5、或6；6至8、7.5、7、或6.5；6.5至8、7.5、或7；7至8、或7.5；或7.5至8的ph。[0284]合适的温度可以是20℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、32℃、30℃、28℃、26℃、24℃、或22℃；22℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、32℃、30℃、28℃、26℃、或24℃；24℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、32℃、30℃、28℃、或26℃；26℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、32℃、30℃、或28℃；28℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、32℃、或30℃；30℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、34℃、或32℃；32℃至46℃、44℃、42℃、40℃、38℃、36℃、或34℃；36℃至46℃、44℃、42℃、40℃、或38℃；38℃至46℃、44℃、42℃、或40℃；40℃至46℃、44℃、或42℃；42℃至46℃、或44℃；或44℃至46℃的温度。[0285]根据上述任一项的方法可包括在至少30℃(如，至少30℃，至少32℃、至少34℃、或至少36℃)的温度下培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白在氨基酸残基t49上具有o-连接的糖基化。根据上述任一项的方法可包括在约28℃的温度培养包含编码β-乳球蛋白的重组多核苷酸的合适的重组宿主细胞的步骤，其中由重组宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白具有氨基酸残基t6上的o-连接的糖基化。[0286]合适的进料速率可以是0.01g至0.2g葡萄糖当量/g干细胞重量(dcw)/小时的进料速率。[0287]合适的压力可以是0psig至50psig、40psig、30psig、20psig、或10psig；10psig至50psig、40psig、30psig、或20psig；20psig至50psig、40psig、或30psig；30psig至50psig、或40psig；或40psig至50psig的压力。[0288]合适的氧合水平可以是每分钟每发酵罐中液体体积的氧气体积(vvm)0.1至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、1.3vvm、1.1vvm、0.9vvm、0.7vvm、0.5vvm或0.3vvm；0.3vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、1.3vvm、1.1vvm、0.9vvm、0.7vvm、或0.5vvm；0.5vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、1.3vvm、1.1vvm、0.9vvm、或0.7vvm；0.7vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、1.3vvm、1.1vvm、或0.9vvm；0.9vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、1.3vvm、或1.1vvm；1.1vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、1.5vvm、或1.3vvm；1.3vvm至2.1vvm、1.9vvm、1.7vvm、或1.5vvm；1.5vvm至2.1vvm、1.9vvm、或1.7vvm；1.7vvm至2.1vvm、或1.9vvm；或1.9vvm至2.1vvm的通气速率。[0289]合适的发酵持续时间可以是10小时至500小时、400小时、300小时、200小时、100小时、50小时、40小时、30小时、或20小时；20小时至500小时、400小时、300小时、200小时、100小时、50小时、40小时、或30小时；30小时至500小时、400小时、300小时、200小时、100小时、50小时、或40小时；40小时至500小时、400小时、300小时、200小时、100小时、或50小时；50小时至500小时、400小时、300小时、200小时、或100小时；100小时至500小时、400小时、300小时、或200小时；200小时至500小时、400小时、或300小时；300小时至500小时或400小时；或400小时至500小时的发酵持续时间。[0290]合适的发酵体积可以是1l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、5,000l、1,000l、500l、100l、50l、或10l；10l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、5,000l、1,000l、500l、100l、或50l；50l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、5,000l、1,000l、500l、或100l；100l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、5,000l、1,000l、或500l；500l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、5,000l、或1,000l；1,000l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、10,000l、或5,000l；5,000l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、50,000l、或10,000l；10,000l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、100,000l、或50,000l；50,000l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、500,000l、或100,000l；100,000l至10,000,000l、5,000,000l、1,000,000l、或500,000l；500,000l至10,000,000l、5,000,000l、或1,000,000l；1,000,000l至10,000,000l、或5,000,000l；或5,000,000l至10,000,000l。[0291]合适的发酵容器可以是本领域已知的任何发酵容器。发酵容器的非限制性实例包括以任何合适规模(如，小规模、大规模)和任何过程(如，固体培养、浸没培养、分批、补料分批、或连续流动)使用的培养板、摇瓶、发酵罐(如，搅拌釜发酵罐、气升发酵罐、鼓泡柱发酵罐、固定床生物反应器、实验室发酵罐、工业发酵罐或它们的任何组合)。[0292]纯化天然或重组乳蛋白[0293]纯化天然或重组蛋白(如，从乳或发酵液)以获得包含天然或重组蛋白的制备物的方法是本领域所熟知的(参见，例如，proteinpurification,jcjansonandlryden,eds.,vchpublishers,newyork,1989；proteinpurificationmethods:apracticalapproach,elvharrisandsangel,eds.,irlpress,oxford,england,1989)，并且可适于纯化天然或重组乳蛋白。[0294]乳蛋白可基于其分子量来纯化，例如通过尺寸排阻/交换层析、膜超滤、凝胶渗透层析(如，制备性圆盘-凝胶电泳)或密度离心。[0295]乳蛋白也可基于其表面电荷或疏水性/亲水性来纯化，例如通过等电沉淀、阴离子/阳离子交换层析、等电聚焦(ief)或反相层析。[0296]乳蛋白还可基于其溶解性来纯化，例如通过硫酸铵沉淀、等电沉淀、表面活性剂、去污剂或溶剂萃取。[0297]乳蛋白也可基于其对另一分子的亲和性来纯化，例如通过亲和层析、反应性染料或羟基磷灰石。亲和层析可包括使用对乳蛋白具有特异性结合亲和力的抗体，或用于his标记的重组乳蛋白的镍nta，或与重组乳蛋白的糖部分结合的凝集素、或特异性结合乳蛋白的任何其他分子。在一些实施方案中，重组乳蛋白携带有利于纯化的标签。这种标签的非限制性实例包括表位标签和蛋白标签。表位标签的非限制性实例包括c-myc、血凝素(ha)、多组氨酸(6x-his)、glu-glu和dykddddk(flag)表位标签。蛋白标签的非限制性实例包括谷胱甘肽-s-转移酶(gst)、绿色荧光蛋白(gfp)和麦芽糖结合蛋白(mbp)。在分离重组乳蛋白(如，通过蛋白酶裂解)后，可去除表位或蛋白标签。[0298]由重组宿主细胞分泌的重组乳蛋白可直接从培养基中纯化。非由重组宿主细胞分泌的重组乳蛋白可从细胞裂解物中纯化。[0299]乳蛋白可纯化至相对于发酵液或制备物中所包含的其他组分大于30％、大于35％、大于40％、大于45％、大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于97％、或大于99％的纯度，或相对于发酵液中所包含的其他组分丰度大至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、或至少10倍，或按重量计大于30％、大于35％、大于40％、大于45％、大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于97％或大于99％的纯度。[0300]可通过高效液相色谱(hplc)、western印迹分析、eastern印迹分析、聚丙烯酰胺凝胶电泳、毛细管电泳、酶产物的形成、酶底物的消失以及二维质谱(2d-ms/ms)序列鉴定来确认和/或量化乳蛋白的身份。[0301]天然或重组乳蛋白可进一步被后加工。后加工可能会改变天然或重组乳蛋白的某些化学和/或物理特性，包括但不限于大小、电荷、疏水性、亲水性、溶剂化、蛋白折叠和化学反应性。[0302]后加工可包括片段化(如，通过化学方式或通过暴露于蛋白酶[如，胰蛋白酶、胃蛋白酶])、加热(如，去除蛋白质聚集体)、去除反应位点(如，通过氧化去除蛋氨酸和/或色氨酸残基的反应位点)、调节(如，通过化学、光化学和/或酶促策略)、环化、生物素化(即，附接生物素)、以及与其他要素(如，聚乙二醇、抗体、脂质体、磷脂、dna、rna、多核苷酸、糖、二糖、多糖、淀粉、纤维素、去污剂、细胞壁)缀合。[0303]后加工可以随机方式或位点特异性方式发生(如，在半胱氨酸残基的巯基处[如，用于氨基乙基化、碘乙酰胺的形成、马来酰亚胺的形成、dha的形成、通过二硫键的共价连接、以及脱硫]，在赖氨酸残基的伯胺基团处[如，用于附接活化酯、磺酰氯、异硫氰酸酯、不饱和醛酯、以及醛]、在酪氨酸残基的酚羟基处、在特定过敏原性表位处[如，聚糖基团])。[0304]天然或重组乳蛋白可喷雾干燥或通过蒸发浓缩(如，以获得粉末)。[0305]可将一种或多种天然和/或重组乳蛋白组合以获得乳蛋白组分，并且任选地与一种或多种其他成分组合以获得上述任一项的乳制品替代物。加热可有助于使粉末组合物水合。[0306]生产食品的方法[0307]另一方面，本文提供了用于生产根据上述任一项的食品的方法。[0308]存在多种用于制备食品的食谱，并且任何这样的食谱都可用于本文提供的方法中以生产根据上述任一项的食品。根据上述任一项的乳制品替代物可代替乳或除乳之外用于此类食谱中。实施例[0309]包括以下实施例以说明本发明的具体实施方案。实施例中公开的技术代表了本发明人发现的在本发明的实践中发挥良好作用的技术；然而，本领域技术人员根据本公开内容应当理解，在不脱离本发明的精神和范围的情况下，可在所公开的具体实施方案中进行许多改变并且仍然获得相似或类似的结果。因此，实施例中阐述或显示的所有内容均应被解释为说明性而非限制性的。[0310]实施例1：在重组毕赤酵母宿主细胞中生产具有非天然ptm的重组β-乳球蛋白[0311]重组毕赤酵母宿主细胞通过以下产生：用包含普通牛β-乳球蛋白编码序列(uniprot序列p02754的氨基酸17-178)的载体转化毕赤酵母(komagateaellaphaffii)菌株bgf12(biogrammatics,carlsbad,ca)，该编码序列经密码子优化以在酵母中表达且框内融合至n末端分泌信号(酿酒酵母α杂交因子的前信号肽或前原信号肽区)。分泌型β-乳球蛋白编码序列的两侧是启动子(pgap或paox1)和终止子(taox1pa信号)。该载体还包含用于选择细菌和酵母转化体的显性抗性标志物，以及细菌复制起点。使用热休克方案将载体转化至毕赤酵母宿主细胞中，以产生包含分泌型β-乳球蛋白编码序列的整合拷贝的重组宿主菌株。将转化体铺板到最小培养基上并于30℃温育48小时。将来自每个最终转化的克隆接种到96孔板块的300μl缓冲最小培养基中，并于30℃以600rpm搅拌温育72小时或超过100小时。取出样品，通过离心沉淀重组宿主细胞，并回收发酵上清液。用上清液样品进行elisa测定和sds-page凝胶分析以鉴定阳性转化体。[0312]重组毕赤酵母宿主细胞在含有磷酸盐和氮盐的最小基础培养基中用80％甘油作为起始原料在搅拌发酵容器中生长，该容器控制为30℃、1vvm空气流动和100rpm最小搅拌。通过按需添加氢氧化铵控制发酵液的ph值为5。一旦分批的甘油耗尽，就通过程序化的进料配方添加甘油，以6g/l/h的速率输送甘油。通过按需要控制搅拌速率来满足菌株的氧需求。当搅拌不再能够维持溶解氧设定点时，将100％氧气喷射到容器中以控制溶解氧。一旦分批的甘油耗尽时，发酵的ph值从5变为3。根据需要添加消泡剂c以控制泡沫。在至少100小时后，以od600时的细胞密度约为600-800收获发酵物。通过以5,000g离心从培养液中移出生物质。通过100kdamwco膜浓缩上清液。浓缩的渗余物通过5kdamwco膜透滤到50mm咪唑，ph6.8中。浓缩的渗余物流过qsepharoseff柱。流动相为50mm咪唑，ph6.8，并以2mnacl梯度洗脱重组β-乳球蛋白。梯度从0-30％运行通过30个柱体积。收集峰级分并用rp-hplc进行分析。合并含有纯度》85％的重组β-乳球蛋白的峰以最终透滤至水中。[0313]用胰蛋白酶消化天然普通牛β-乳球蛋白样品和由重组毕赤酵母宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白样品。通过质谱法(lc-ms)分析胰蛋白酶肽中是否存在磷酸盐和单个n和o连接的己糖(果糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖；仅检测单一己糖，因为在sds-page凝胶上与普通牛标准品相比未观测到重组乳蛋白大的质量偏移)。胰蛋白酶片段覆盖100％的β-乳球蛋白序列，并揭示天然普通牛β-乳球蛋白未被磷酸化，也未被n-糖基化，而是在氨基酸残基y99和/或n63上被o-糖基化；而重组β-乳球蛋白未被n-糖基化，而是在氨基酸残基y20、y99、y102、t18、t97、s110和/或s150上被磷酸化，并且在氨基酸残基y42、y99、y102和/或s110上被o-糖基化。[0314]对天然普通牛β-乳球蛋白和重组β-乳球蛋白进行差示扫描量热法(mircocalpeaq-dsc)。将测试样品溶解于ph2.5的10mm柠檬酸盐缓冲液中至1.0和0.5mg/ml蛋白。样品暴露于20℃至100℃的温度范围，扫描速率为60℃/h。每个样品扫描两次以确定在第一次热处理后重折叠的蛋白百分比。用peaq-dsc软件分析测量结果。[0315]如表1所示，重组β-乳球蛋白和天然普通牛β-乳球蛋白具有相似的热分析图、熔解温度和范特霍夫(van’thoff)焓。[0316]表1：普通牛β-乳球蛋白和来自毕赤酵母的重组β-乳球蛋白的dsc数据[0317][0318]重组β-乳球蛋白的转变焓(δhcal)大于普通牛β-乳球蛋白的转变焓(分别为77.9kcal/mol相比67.9kcal/mol)，表明需要更多的热量来使重组β-乳球蛋白变性。重组和普通牛β-乳球蛋白的转变焓均大于范特霍夫焓，表明存在协同去折叠机制，例如二聚体在变性前解离成单体。第二次扫描显示37％的重组β-乳球蛋白在第一次热处理后重折叠，而44％的普通牛β-乳球蛋白在第一次热处理后重折叠(两次测量均以1mg/ml蛋白进行)。[0319]实施例2：在重组里氏木霉宿主细胞中生产具有非天然ptm的重组β-乳球蛋白[0320]重组里氏木霉宿主细胞通过以下产生：用包含普通牛β-乳球蛋白编码序列(uniprot序列p02754的氨基酸17-178)的载体转化里氏木霉(红褐肉座菌(hypocreajecorina))菌株qm6a。用上清液样品进行elisa测定和sds-page凝胶分析以鉴定阳性转化体。[0321]重组里氏木霉宿主细胞在含有无机盐(作为磷酸盐、铵、镁、钾、钠、硫酸盐、氯化物、钙、铁、锰、锌、钼、铜、钴、和硼酸盐来源)和基于碳水化合物的碳源作为起始进料的最小基础培养基中在搅拌发酵容器中生长，该容器控制为25℃至34℃的温度范围，0.2vvm至1vvm的通气速率和最小搅拌以确保适当的混合以及分散生物质和包括氧气(在压缩空气中输送)的营养物。通过按需添加氢氧化铵控制发酵液的ph值为范围从3.0至5.5的不同设定点。一旦分批的碳水化合物耗尽时，通过程序化的进料配方添加含有葡萄糖或乳糖的溶液，该配方以范围从0.01至0.1g干底物/克dcm/小时的特定进料速率递送碳源。按需控制搅拌速率以将目标溶解氧设定点维持在5％至50％的范围来满足培养物的氧需求。当搅拌不再能够维持目标溶解氧设定点时，通气增加至多达2.0vvm。一旦培养在最大搅拌和通气下进行时，允许溶解氧降至低于设定值而无需采取进一步行动。按需添加各种消泡剂，包括但不限于acp1500、消泡剂204(sigma)、eroldf6000k、hodagk-60k、industroldf204(basf)、p-2000e(dow)、sag471、sag5693、sag710、sag730、硅酮消泡剂(sigma)、struktolj647、struktolj673a和葵花油，以控制发酵中的泡沫。每种发酵在至少120小时后收获，生物质浓度通常为20g至50gdcw/l。通过以5,000xg离心从培养基中移出生物质，并纯化重组β-乳球蛋白。[0322]用胰蛋白酶消化天然普通牛β-乳球蛋白样品和重组里氏木霉宿主细胞产生的重组β-乳球蛋白样品。在将n-连接的聚糖消化成单个己糖之前，用endoh(newenglandbiolabs)处理过的样品研究n-连接的己糖。通过质谱(lc-ms)分析胰蛋白酶肽中是否存在磷酸盐和单个n-和o-连接的己糖(果糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖；仅对单一己糖检查n-连接处理，因为这些已用或未用endoh处理；查询1-3己糖的o-连接处理，如先前在文献中归于里氏木霉中典型的o-聚糖长度的；在sds-page凝胶上与普通牛标准品相比未观测到重组乳蛋白大的质量偏移)。胰蛋白酶片段覆盖100％的β-乳球蛋白序列，并揭示天然普通牛β-乳球蛋白未被磷酸化，也未被n-糖基化，而是在氨基酸残基y99和/或n63上被o-糖基化；而重组β-乳球蛋白未被n-糖基化，而是在氨基酸残基t4、t6、t18、y20、s21、s27、s30、s36、y42、t49、t97、y99、y102、s110、t125和/或s150上被磷酸化(其中24次运行的超过30％中观测到在氨基酸残基t18、y20、s21、s27、t49、t97、y99、y102、s110和/或s150上的磷酸化；并且24次运行的超过50％中观测到在氨基酸残基y20、s21、t97、y99、y102、s110和/或s150上的磷酸化)，并且在氨基酸残基t4、t6、t18、s21、s27、s30、s36、t49、t97、s110、s116、t125、s150和/或t154上被o-糖基化(其中24次运行的超过30％中观测到氨基酸残基t18、s21、t49、t97、s110和/或s150上的糖基化；并且24次运行的超过50％中观测到氨基酸残基t18、s21和/或s110上的糖基化)。[0323]重组lgb的o-连接的糖基化与发酵条件之间观测到以下相关性：i)仅葡萄糖作为碳源(相比含有更复杂底物来源的替代物)与氨基酸残基t4上的o-连接的糖基化相关；ii)较高温度(相比测试条件范围内的较低温度)与氨基酸残基t49上的o-连接的糖基化相关；iii)仅葡萄糖或乳糖和麦糟组合作为碳源与氨基酸残基s27、t6、s116和t125上的o-连接的糖基化相关；iv)葡萄糖或乳糖和麦糟组合作为碳源与氨基酸残基t97上的o-连接的糖基化相关；以及v)发酵温度28℃(相比在更高温度)与氨基酸残基t6上的o-连接的糖基化相关。[0324]对天然普通牛β-乳球蛋白和重组β-乳球蛋白进行各种构象分析，包括：i)ellman试剂测试：测量暴露于溶剂的巯基数量，其在蛋白上从暴露于溶剂的半胱氨酸残基伸出；普通牛lgb具有1个游离半胱氨酸残基，仅在蛋白质变性时才暴露于溶剂；ii)差示扫描量热法：揭示蛋白的热力学；熔解温度(tm)表示一半lgb去折叠时的温度；熔解温度tm,1/2是衡量样品同质性或异质性的指标(值越小，样品同质性越高)；δh(曲线下面积与标准品的曲线下面积相比)报告样品中折叠蛋白的比例；以及重折叠能力表示样品中蛋白在第一轮加热后重折叠的比例；以及iii)非还原性page分析：基于单体分子量分离蛋白，因此表示分子间二硫键变换的程度(即，有多少蛋白是共价连接的二聚体、三聚体等构象)。[0325]如表2所示，重组β-乳球蛋白和普通牛β-乳球蛋白具有不同的构象。[0326]表2：普通牛β-乳球蛋白和来自里氏木霉的重组β-乳球蛋白的构象数据[0327][0328]实施例3：机械属性的测量[0329]机械属性可用带有锥形探头(直圆锥，高度为22mm，底径为27mm，顶角为60°(即，锥尖的角度)，丙烯酸的)的ta.xtplusc质构分析仪(stablemicrosystemsltd,surrey,england)进行双重压缩测试至11.5mm深度来测量。[0330]在双重压缩测试期间，质构分析仪探头以缓慢的恒定速率(0.83mm/秒，在完成第1次上升和开始第2次下降之间具有短暂暂停(5.0秒))两次下降和上升至/进入样品至11.5mm的测试深度；即开始-下行程-上行程-短暂暂停-下行程-上行程-结束)，并且仪器的加载单元检测探头以该恒定速率移动时施加于探头的瞬时力(触发力为0.049n)。单次双重压缩测试的结果数据最好在x轴为时间且y轴为力的图上以双峰曲线显示。曲线的形状通常是：开始(0力)‑‑下行程进入样品(从0开始，力随着探头进一步下降而增加，在11.5mm深度处达到峰值力(最大压缩))—从压缩样品上行程(从峰值力开始，随着探头进一步上升力现在降低，达到0力并继续成负值，然后当探头与样品分离并提升到样品上方时回升到0力(由于样品粘附探头而产生负力区域))—短暂暂停(样品恢复，回弹(0力))‑‑下行程进入样品(从0开始，力随着探头进一步下降而增加，达到峰值力)—从压缩样品上行程(从峰值力，力随着探头进一步上升而减小，达到0力并继续成负值，然后当探头与样品分离并提升到样品上方时升回0力)‑‑结束(0力)。[0331]从第一次压缩记录的峰值力可大于从第二次压缩记录的峰值力，因为在第一次压缩期间样品的结构可能被破坏。由于这种结构破坏，第二次压缩的曲线下面积(即，第二次压缩期间的功)也可能小于第一次压缩的曲线下面积(即，第一次压缩期间的功)。因为被破坏的样品在第一次压缩后没有完全回弹到其原始高度，所以第二次下行程当其下降超过25mm时记录的力为0，直至在稍后时间在新的较低高度与样品表面接触。给定压缩的曲线下面积可细分为下行程部分(即，压缩的下行程能量)和上行程部分(即，压缩的上行程能量)。在下行程期间，一部分下行程能量作为弹性势能储存在样品中，在上行程期间，样品将该弹性势能的一部分施加于上升的探头作为上行程能量。因此，压缩的上行程能量总是小于先前压缩的下行程能量(尽管理想的完美弹性的样品将具有等同的下行程能量和上行程能量)。在上行程过程中，当探头上升超过压缩和回弹样品时，由于探头脱离样品表面(其粘附在探头上)，记录的力变为负值。[0332]可从单个双重压缩测试曲线计算多个输出参数，其中不同的参数深入了解样品的不同性质。可将exponentconnect软件(7.0.3.0版，stablemicrosystemsltd，surrey，england)用于分别计算每个双重压缩测试的输出参数。峰值力(即，硬度/坚度)是第一次压缩期间的最大力，传达有关样品硬度/坚度的信息；更高的峰值力意味着样品以更大的力抵抗下行程，并且可能是更坚硬的样品。第一次上行程负功(即，粘性)传达有关样品粘性的信息，因为曲线的上行程的负力部分反映了样品粘附至探头；更负的值意味着更粘的样品。可回收能量(即回复性)通过第一次上行程能量除以第一次下行程能量来计算，并传达有关样品以弹性方式存储并消耗下行程能量的能力的信息；100％的值表示理想的完美弹性的样品。第二次压缩与第一次压缩的功比(即，结构完整性/粘结性)通过第二次压缩期间的功除以第一次压缩期间的功来计算，并传达有关样品在被第一次压缩破坏后的结构完整性/粘结性的信息；较高的值(即，更接近1.0)意味着第一次压缩后结构完整性更大，而较低的值(即，更接近0.0)意味着第一次压缩造成的结构破坏更大。回弹(即，弹力/弹性)通过第二次下行程样品接触时间(即，在第二次下行程期间记录的探头非零力的时间长度)除以第一次下行程样品接触时间来计算；100％的值表示样品从第一次压缩完全回弹到初始接触高度。(峰值力)x(第二次压缩与第一次压缩的功比)x(回弹)的衍生参数(即，咀嚼性/分解)传达了关于在第一次压缩后样品的总体分解的信息，值越高可能表明人们会认为是“更耐嚼”的样品，而值越低则是“更柔嫩”的样品。[0333]为了说明和描述的目的已经呈现了本发明的前述讨论。上述内容并非意在将本发明限制为本文公开的一种或多种形式。尽管本发明的描述已包括对一种实施方案和某些变化和修改的描述，但在理解本公开之后，其他变化和修改也在本发明的范围内，例如，在本领域技术人员的技能和知识范围内披露。旨在获得包括在允许范围内的替代实施方案的权利，包括替代的、可互换的和/或等同的结构、功能、范围或步骤，而不意图公开捐献任何可专利的主题。当前第1页12当前第1页12