1.本发明属于分子辅助诊断领域，具体涉及在银屑病关节炎诊断中的应用。
背景技术：
2.银屑病关节炎(psoriatic arthritis，psa)影响多达30％的银屑病患者，导致了病人的生活质量下降。psa涉及多种部位，包括外周和中轴型关节炎、附着点炎、指端炎和指甲疾病。银屑病关节炎的早期干预对预防功能丧失和永久性残疾很重要。然而，皮肤症状通常先于关节炎，使得psa的确诊平均时间延迟了5年。因此，用于检测预警银屑病关节炎患者，将其从寻常型银屑病(pso)中区分出来的生物标志物对皮肤科医生来说非常重要。
3.近年来，人们对细胞外囊泡(extracellular vesicle，ev)，比如外泌体所携带的循环微小核糖核酸(mirna)的重要性越来越感兴趣。循环中的mirna在细胞间的远近通讯中起着重要作用，并能调节基因表达。外泌体循环mirna丰富、稳定且高度保守。它们是几种人类疾病的新型诊断和预后生物标志物，如过敏性疾病、心血管疾病、和癌症。由于mirnas的分布因种族而异，不同人种之间与疾病相关的mirna仍需要进一步研究。
技术实现要素：
4.本发明的目的是提供检测mirna的试剂及其在银屑病关节炎诊断中的用途。通过与寻常型银屑病病人相比较的方法，将银屑病关节炎病人从全体银屑病病人中识别出来进行预警，为早期干预提供条件。
5.本发明第一方面提供一种分离的来自哺乳动物的rna，包含mir-191-3p或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
6.在一个或多个实施方案中，所述rna包含seq id no:1所示序列或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
7.本发明第二方面提供检测rna的引物或探针，所述rna包含mir-191-3p或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体，所述引物与所述rna杂交并且能扩增出所述rna或其功能片段或它们的对应dna，所述探针与所述rna或其功能片段或它们的对应dna杂交。
8.在一个或多个实施方案中，所述rna包含seq id no:1所示序列或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
9.在一个或多个实施方案中，所述引物包含seq id no:3所述的特异扩增引物或与其具有至少90％序列相同性的变体。进一步地，所述引物任选还包含反转录引物和/或通用扩增引物。反转录引物具有seq id no:2所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。通用扩增引物具有seq id no:4所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。
10.本发明第三方面提供记载有rna的序列的介质，所述rna包含mir-191-3p或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。所述介质用于与rna测序数据比对以确定所述rna的存在或含量。
11.在一个或多个实施方案中，所述rna包含seq id no:1所示序列或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
12.在一个或多个实施方案中，所述介质是印有所述序列的卡片，例如纸质、塑料、金属、玻璃卡片。
13.在一个或多个实施方案中，所述介质是存储有所述序列和计算机程序的计算机可读介质，当所述计算机程序被处理器执行时，实现下述步骤：将样品的rna测序数据与所述序列比较，从而获得所述样品中含所述序列的rna的存在和水平。
14.本发明另一方面还提供诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择银屑病关节炎治疗措施的试剂盒，包含用于检测本文第一方面所述的rna的水平的试剂和/或本文第三方面所述的介质和任选的参照样品。
15.在一个或多个实施方案中，所述试剂是本发明第二方面所述的引物或探针。
16.在一个或多个实施方案中，所述试剂盒还包含选自以下一种或多种的物质：pcr缓冲液、聚合酶、dntp、限制性内切酶、酶切缓冲液、荧光染料、荧光淬灭剂、荧光报告剂、外切核酸酶、碱性磷酸酶、内标、对照物。
17.在一个或多个实施方案中，所述参照样品是寻常银屑病(pso)患者的所述rna。
18.在一个或多个实施方案中，所述试剂盒是辅助诊断试剂盒。
19.本发明另一方面还提供试剂和/或介质在制备用于诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施的试剂盒中的用途，所述试剂用于检测对象的样品中rna的水平，所述rna包含mir-191-3p或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
20.在一个或多个实施方案中，所述rna包含seq id no:1所示序列或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna，或与它们具有至少70％相同性的变体。
21.在一个或多个实施方案中，所述试剂是检测所述rna的特异性抗体。
22.在一个或多个实施方案中，所述试剂包含与所述rna杂交的引物分子，所述引物分子能扩增出所述rna或其功能片段，或它们的对应dna。所述引物分子至少9bp。
23.在一个或多个实施方案中，所述试剂包含与所述rna或其功能片段杂交的探针分子。在一个或多个实施方案中，所述探针还含有可检测物。在一个或多个实施方案中，所述可检测物是5’端荧光报告基团和3’端标记淬灭基团。在一个或多个实施方案中，所述荧光报告基因选自cy5、fam和vic。所述探针分子至少12bp。
24.在一个或多个实施方案中，所述对象是哺乳动物，优选人。
25.在一个或多个实施方案中，所述对象是汉族人。
26.在一个或多个实施方案中，所述对象是诊断为银屑病的对象。
27.在一个或多个实施方案中，所述样品含有外泌体。优选地，所述样品来自哺乳动物的体液，例如血清、血浆、唾液、尿液、羊水等。
28.在一个或多个实施方案中，所述试剂是本发明第二方面所述的引物或探针。
29.在一个或多个实施方案中，所述介质是本发明第三方面所述的介质。
30.在一个或多个实施方案中，诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施包括：与参照样品比较，或者根据所述rna的水平获得评分，根据比较结果或评分诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施。
31.在一个或多个实施方案中，所述试剂盒还包含选自以下一种或多种的物质：pcr缓冲液、聚合酶、dntp、限制性内切酶、酶切缓冲液、荧光染料、荧光淬灭剂、荧光报告剂、外切核酸酶、碱性磷酸酶、内标、对照物。
32.本发明还提供一种用于诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施的方法，包括：(1)获取对象的样品中本文第一方面任一实施方案所述rna的水平；(2)若所述水平相比参照存在显著性降低，则诊断为银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择银屑病关节炎治疗措施。
33.在一个或多个实施方案中，所述方法在步骤(1)之前还包括：样品rna的抽提、质检和/或储存。
34.在一个或多个实施方案中，所述参照是寻常银屑病(pso)患者的所述rna的水平。
35.在一个或多个实施方案中，所述程序还包括检测参照的所述rna的水平。
36.在一个或多个实施方案中，所述的显著性降低是指：与对照样本相比，所述rna的表达水平的降低幅度≥10％，较佳地≥20％，较佳地≥50％，更佳地≥80％，最佳地≥100％。
37.在一个或多个实施方案中，所述的检测是不以获得疾病诊断结果为目的的。
38.在一个或多个实施方案中，所述样品含有外泌体。优选地，所述样品来自哺乳动物的体液，例如血清、血浆、唾液、尿液、羊水等。
39.本发明还提供一种用于诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施的装置，所述装置包括存储器、处理器以及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述程序时实现以下步骤：(1)获取对象的样品中本文第一方面任一实施方案所述rna的水平；(2)若所述水平相比参照存在显著性降低，则诊断为银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择银屑病关节炎治疗措施。
40.在一个或多个实施方案中，所述程序在步骤(1)之前还包括：样品rna的抽提、质检和/或储存。
41.在一个或多个实施方案中，所述参照是寻常银屑病(pso)患者的所述rna的水平。
42.在一个或多个实施方案中，所述程序还包括检测参照的所述rna的水平。
43.在一个或多个实施方案中，所述的显著性降低是指：与对照样本相比，所述rna的表达水平的降低幅度≥10％，较佳地≥20％，较佳地≥50％，更佳地≥80％，最佳地≥100％。
44.在一个或多个实施方案中，所述样品含有外泌体。优选地，所述样品来自哺乳动物的体液，例如血清、血浆、唾液、尿液、羊水等。
45.本发明优点：基于银屑病外泌体样本的mirna进行诊断，国内外暂无同类研究报道和专利申请，有望形成全新的临床诊断应用技术。通过本研究获得的银屑病关节炎分子预警模型，临床医生可以结合患者基本情况和病灶特点，进行干预措施的判断，制定更加合理的治疗方案，使患者从中受益。
46.应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以相互组合，从而构成新的或优选的技术方案。
id no:3所示、通用扩增引物如seq id no:4所示。
55.本文所述“探针”主要是指与靶序列在严谨条件下杂交的dna或rna序列。所述探针还含有可检测物，所述可检测物是5’端荧光报告基团和3’端标记淬灭基团。例如探针序列的5’端标记荧光报告基团，3’端标记淬灭基团。所述荧光报告基因例如cy5、fam和vic。在讨论引物或探针时，本文所述“识别”或“杂交”指引物或探针与模板序列在严谨或高度严谨条件下杂交，所述严谨或高度严谨条件本领域周知，例如所述高严谨条件可为在0.1
×
sspe(或0.1
×
ssc)，0.1％sds的溶液中，在65℃下杂交并洗膜。适用于本文的探针分子长度不受限制，例如至少12bp。
56.本发明还涉及诊断银屑病关节炎的试剂盒，包含本文所述的检测mirna表达水平的特异性探针、特异性引物、特异性抗体。所述试剂盒还包括免疫学检测、核酸杂交、或核酸扩增所需的其他试剂，例如缓冲液、二价离子、dntp、或聚合酶等。较具体地，所述其他试剂包括但不限于：pcr缓冲液、聚合酶、dntp、限制性内切酶、酶切缓冲液、荧光染料、荧光淬灭剂、荧光报告剂、外切核酸酶、碱性磷酸酶、内标、对照物，和任选的检测mirna表达水平的指导说明。本发明还提供利用抗体、引物、探针和/或介质制备用于诊断银屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择诊断银屑病关节炎治疗措施的试剂盒的用途，所述抗体、引物、探针如前所述，用于检测对象的样品中mir-191-3p的水平。
57.本发明还涉及包含本文所述mirna的序列的介质，所述介质用于与rna测序数据比对以确定所述rna的存在或含量。在具体实施方案中，所述rna的序列是mir-191-3p或其功能片段或其pri-mirna或pre-mirna的序列。所述介质可以是能以任何形式提供所述mirna的序列信息的介质，例如印有所述序列的卡片，例如纸质、塑料、金属、玻璃卡片；存储有所述序列的计算机可读介质。该计算机可读介质还存储有计算机程序，当所述计算机程序被处理器执行时，实现下述步骤：将样品的rna测序数据与所述序列比较，从而获得所述样品中含所述序列的rna的存在和水平。
58.本文术语“变体”或“突变体”是指与参照序列相比，通过一个或多个核苷酸的插入、缺失或取代使核酸序列发生变化同时保留其与其他核酸杂交能力的多核苷酸。本文任一实施方案所述的突变体包括与参照序列具有至少70％，优选至少80％，优选至少85％，优选至少90％，优选至少95％，优选至少97％的序列相同性并保留参照序列的生物学活性的核苷酸序列。可采用例如ncbi的blastn计算两条比对的序列之间的序列相同性。突变体还包括在参照序列的和核苷酸序列中具有一个或多个突变(插入、缺失或取代)、同时仍保留参照序列生物学活性的核苷酸序列。所述多个突变通常指1－10个以内，例如1－8个、1－5个或1－3个。取代可以是嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸之间的取代，也可以是嘌呤核苷酸之间或嘧啶核苷酸之间的取代。取代优选是保守性取代。例如，在本领域中，用性能相近或相似的核苷酸进行保守性取代时，通常不会改变多核苷酸的稳定性和功能。保守性取代例如嘌呤核苷酸之间的(a与g)的互换，嘧啶核苷酸之间的(t或u与c)的互换。因此，在本发明多核苷酸中用来自同一残基替换一个或几个位点，将不会在实质上影响其活性。具体地，本发明中的引物变体可以实现与靶序列的严谨杂交并引导扩增；本发明的探针变体可以实现与靶序列的严谨杂交和探测。
59.本发明还提供诊断银屑病关节炎的方法，包括：(1)获取对象的样品中本文第一方面任一实施方案所述mirna的水平；(2)若所述水平相比参照存在显著性降低，则诊断为银
屑病关节炎、或判断/选择/辅助选择银屑病关节炎治疗措施。通常，所述方法在步骤(1)之前还可包括：样品rna的抽提、质检和/或储存。步骤(2)中的参照可以是寻常银屑病(pso)患者的mir-191-3p水平，或者健康人的mir-191-3p水平。因此，所述方法还可包括检测参照的所述rna的水平。
60.可通过以下的方法检测mirna水平：rt-pcr、qpcr、dna或rna测序、northern、荧光定量法、高分辨率熔解曲线法、基于芯片的mirna图谱分析、质谱(例如飞行质谱)。本领域技术人员知晓这些方法检测mirna的步骤。例如，可在构建mirna文库后使用特异性引物和通用引物检测mir-191-3p，或者通过测序并分析获得mir-191-3p的含量。或者，可通过不使用探针的rt-pcr检测法(例如sybr green染料法)或者使用探针的rt-pcr检测法(例如taqman探针法)定量分析样品中mir-191-3p的含量。
61.本文中，显著性降低是指：与对照样本相比，所述rna的表达水平的降低幅度≥10％，较佳地≥20％，较佳地≥50％，更佳地≥80％，最佳地≥100％。
62.本文中，样品来自哺乳动物，优选人，例如汉族人。样品可来自任何器官(例如骨髓)、组织(例如上皮组织、结缔组织、肌肉组织和神经组织)、细胞(例如红细胞)或者体液(例如血液(包括外周血)、血浆、血清、组织液、尿液)，只要该样品含有外泌体即可。外泌体是由活细胞分泌的直径约为30-150nm的小囊泡，具有典型的脂质双分子层结构；存在于细胞培养上清液、血清、血浆、唾液、尿液、羊水以及其它生物体液中；外泌体携带有多种蛋白质、脂类、rna等重要信息，
63.此外，本发明还揭示了存储计算机程序的计算机可读存储介质，存储介质上所存储的计算机程序运行后执行本文所述的诊断银屑病关节炎的方法。结合本文中公开的实施方案描述的方法或算法的步骤可直接在硬件中、在由处理器执行的软件模块中、或在这两者的组合中体现。如果在软件中实现为计算机程序产品，则各功能可以作为一条或更多条指令或代码存储在计算机可读介质上或藉其进行传送。计算机可读介质包括计算机存储介质和通信介质两者，其包括促成计算机程序从一地向另一地转移的任何介质。存储介质可以是能被计算机访问的任何可用介质。作为示例而非限定，这样的计算机可读介质可包括ram、rom、eeprom、cd-rom或其它光盘存储、磁盘存储或其它磁存储设备、或能被用来携带或存储指令或数据结构形式的合意程序代码且能被计算机访问的任何其它介质。示例性存储介质耦合到处理器以使得该处理器能从/向该存储介质读取和写入信息。在替换方案中，存储介质可以被整合到处理器。处理器和存储介质可驻留在asic中。asic可驻留在用户终端中。在替换方案中，处理器和存储介质可作为分立组件驻留在用户终端中。
64.本发明通过在8名psa患者和15名pso患者中进行外泌体mirna的检测或测序，鉴定了差异表达的mir-191-3p。这些患者由经认证的医生通过基于典型的临床和/或组织病理学标准和银屑病关节炎分类标准(caspar)进行诊断。结果显示，mir-191-3p在银屑病关节炎病人中的量只有寻常型银屑病病人的50分之一，可以作为诊断标志物用于鉴定银屑病关节炎病。
65.下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如j.萨姆布鲁克等编著，分子克隆实验指南，第三版，科学出版社，2002中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
66.实施例
67.实施例1
68.所有患者均来自中国上海复旦大学附属华山医院皮肤科。华山医院伦理委员会审核通过方案，所有患者和健康对照者均提供书面知情同意书。
69.招募了8名psa患者和15名pso患者进行外泌体mirna测序。pso和psa的诊断分别基于典型的临床和/或组织病理学标准和银屑病关节炎分类标准(caspar)。根据至少一年的月度随访评估，所有psa患者均符合caspar诊断标准。对所有患者进行访谈，记录有关疾病持续时间、发病年龄、吸烟状况、饮酒和病史(包括高血压和糖尿病)的数据。两位经认证的皮肤科医生使用银屑病面积和严重程度指数(pasi)和体表面积(bsa)评分对皮肤银屑病进行分级。
70.从这些患者身上采集了1毫升外周血血浆样本。外周血细胞外小囊泡(外泌体)分离、核糖核酸分离和核糖核酸测序均使用德国qiagen有限公司标准方案的外泌体rna产品。按照标准流程使用qiaseq mirna文库试剂盒(德国qiagen有限公司)构建外泌体mirna文库。使用hiseq 2500系统(illumina公司)进行了二代测序。使用r软件3.3.3版(deseq2包)对测序数据进行分析，以鉴定差异表达的mirnas(p《0.05)。
71.结果如图1所示，外周血外泌体中的一种mirna：mir-191-3p在银屑病关节炎病人中的量只有寻常型银屑病病人的50分之一(psa/pso＝0.02)，统计显示差异非常显著p＝0.001。
72.实施例2
73.采用实施例1的方法收集外周血外泌体中的mirna，使用针对mir-191-3p的反转录颈环引物(seq id no:2)和扩增引物(seq id no:3和4)通过rt-pcr进行mirna检测。结果与实施例1类似，mir-191-3p在银屑病关节炎病人中的量只有寻常型银屑病病人的50分之一(p《0.001)。