一种预测鸡蛋壳颜色的方法及其专用的snp位点
技术领域
1.本发明属于生物技术领域，具体涉及一种预测鸡蛋壳颜色的方法及其专用的snp位点。


背景技术：

2.家禽蛋壳颜色具有重要的经济价值，消费者对不同的蛋壳颜色具有一定的偏好性，因此有必要对蛋壳颜色性状进行研究和选育。鸡蛋壳颜色主要有褐壳、白壳和绿壳三种，主要蛋壳色素是原卟啉-ix和胆绿素，这两种色素的含量和比例不同会导致不同的蛋壳颜色。家禽蛋壳颜色长期受到关注，但它的形成机制还没有得到完整的解析。根据已有研究成果，褐壳蛋性状是受到多基因控制的数量性状，而白壳蛋性状是受到单基因或者少数基因控制的质量性状，绿壳蛋性状是由slco1b3基因控制的。从遗传角度来讲，褐壳蛋鸡携带褐壳基因产生褐壳鸡蛋，白壳蛋鸡在褐壳基因位点呈隐性或者在其他位点存在常染色体隐性基因抑制蛋壳色素的产生、转运或者沉积都会产生白壳鸡蛋。白壳蛋鸡主要以白来航鸡为主，而产白壳蛋的商品鸡是在白来航鸡的基础上培育的。
3.近年来，snp作为第三代分子标记，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。基于白壳蛋鸡、褐壳蛋鸡和绿壳蛋鸡的基因信息进行分析，可以挖掘更加稳定高效的snp位点。因此，有必要探索基于snp位点多态性进行鸡蛋壳颜色预测或辅助预测的方法。


技术实现要素：

4.本发明的目的是预测或辅助预测鸡蛋壳颜色，从而进行鸡品种或品系的选育。
5.本发明首先保护用于检测鸡基因组中基于snp1位点的基因型的物质甲、基于snp2位点的基因型的物质乙、基于snp3位点的基因型的物质丙和/或基于snp4位点的基因型的物质丁在预测或辅助预测鸡蛋壳颜色中的应用。
6.本发明还保护用于检测鸡基因组中基于snp1位点的基因型的物质甲、基于snp2位点的基因型的物质乙、基于snp3位点的基因型的物质丙和/或基于snp4位点的基因型的物质丁在制备用于预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的试剂盒中的应用。
7.用于检测鸡基因组中基于snp1位点的基因型的物质甲、基于snp2位点的基因型的物质乙、基于snp3位点的基因型的物质丙和/或基于snp4位点的基因型的物质丁在筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种中的应用也属于本发明的保护范围。
8.用于检测鸡基因组中基于snp1位点的基因型的物质甲、基于snp2位点的基因型的物质乙、基于snp3位点的基因型的物质丙和/或基于snp4位点的基因型的物质丁在制备用于筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种的试剂盒中的应用也属于本发明的保护范围。
9.用于检测鸡基因组中基于snp1位点的基因型的物质甲、基于snp2位点的基因型的物质乙、基于snp3位点的基因型的物质丙和/或基于snp4位点的基因型的物质丁在鸡遗传
育种中的应用也属于本发明的保护范围。
10.上述任一所述的应用中，所述物质甲、所述物质乙、所述物质丙或所述物质丁可为引物。
11.上述任一所述的应用中，所述物质甲、所述物质乙、所述物质丙或所述物质丁可为进行鸡基因组测序所需的物质。
12.本发明还保护鸡基因组中snp1位点、snp2位点、snp3位点和/或snp4位点的基因型的应用，可为a1)-a3)中的至少一种：
13.a1)预测或辅助预测鸡蛋壳颜色；
14.a2)筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种；
15.a3)鸡遗传育种。
16.上述任一所述的应用中，如果鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为cc纯合型、基于snp2位点的基因型为gg纯合型、基于snp3位点的基因型为gg纯合型和/或基于snp4位点的基因型为aa纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；如果鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为tt纯合型、基于snp2位点的基因型为aa纯合型、基于snp3位点的基因型为aa纯合型和/或基于snp4位点的基因型为gg纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为褐壳。
17.本发明还保护一种预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的方法，可包括如下步骤：检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于snp1位点、snp2位点、snp3位点和/或snp4位点的基因型，然后进行如下判断：
18.如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为cc纯合型、基于snp2位点的基因型为gg纯合型、基于snp3位点的基因型为gg纯合型和/或基于snp4位点的基因型为aa纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；
19.如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为tt纯合型、基于snp2位点的基因型为aa纯合型、基于snp3位点的基因型为aa纯合型和/或基于snp4位点的基因型为gg纯合型，则鸡蛋壳颜色为或疑似为褐壳。
20.本发明还保护一种筛选或辅助筛选生产白壳蛋或褐壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种的方法，可包括如下步骤：检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于snp1位点、snp2位点、snp3位点和/或snp4位点的基因型，然后进行如下判断：
21.如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为cc纯合型、基于snp2位点的基因型为gg纯合型、基于snp3位点的基因型为gg纯合型和/或基于snp4位点的基因型为aa纯合型，则该待测鸡个体、鸡品系或鸡品种为或疑似为生产白壳蛋的鸡个体、鸡品系或鸡品种；
22.如果待测鸡个体、鸡品系或鸡品种的基因组中基于snp1位点的基因型为tt纯合型、基于snp2位点的基因型为aa纯合型、基于snp3位点的基因型为aa纯合型和/或基于snp4位点的基因型为gg纯合型，则该待测鸡个体、鸡品系或鸡品种为或疑似为生产褐壳蛋的鸡个体或鸡品种。
23.上述任一所述的方法中，所述检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于snp1位点、snp2位点、snp3位点和/或snp4位点的基因型的方法可为直接测序。
24.上述任一所述的方法中，所述检测待测鸡个体、鸡品系或鸡品种基于snp1位点、
snp2位点、snp3位点和/或snp4位点的基因型的方法可为利用引物进行pcr扩增，然后测序。所述引物用于扩增所述snp位点。
25.上述任一所述snp1位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345012位。
26.上述任一所述snp2位点位于鸡基因组第12号染色体的第3345976位。
27.上述任一所述snp3位点位于鸡基因组第12号染色体的第3346276位。
28.上述任一所述snp4位点位于鸡基因组第12号染色体的第3348704位。
29.本发明通过比较鸡个体的测序数据，获得4个snp位点；之后通过基因组重测序技术获得不同蛋壳颜色群体中4个snp位点的基因型频率，从而确定4个snp位点与白壳或褐壳性状相关。因此，4个snp位点可以作为白壳或褐壳性状的分子遗传标记，应用在鸡蛋壳颜色相关性状的育种工作中，即从分子层面提高对鸡蛋壳颜色性状选种的准确性，加快选育进程，降低饲养成本，提高生产效益。本发明具有重要的应用价值。
附图说明
30.图1为4个snp位点基因型在白壳蛋群体和褐壳蛋群体中的频率分布。
具体实施方式
31.下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
32.下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
33.实施例1、用于预测或辅助预测鸡蛋壳颜色的snp位点的发现及应用
34.一、4个snp位点的发现
35.本发明基于60个鸡个体的测序数据，获得4个snp位点。60个鸡个体包含30个白壳蛋鸡个体和30个褐壳蛋鸡个体，基本包括了白来航、洛岛红鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、藏鸡、隐性白洛克鸡、文昌鸡等主要品种，尽可能多地体现了鸡品种的代表性。
36.4个snp位点的基本信息部分见表1(白来航为白壳蛋鸡，洛岛红鸡为褐壳蛋鸡)。其中snp位点在染色体上的位置是基于ncbi中公布的鸡参考基因组grcg6a(gcf_000002315.6)序列比对确定的。
37.表1
[0038][0039]
二、4个snp位点在预测或辅助预测鸡蛋壳颜色中的应用
[0040]
1、采用高通量测序的方法检测白壳蛋群体和褐壳蛋群体中各个鸡个体基于步骤
一中4个snp位点的基因型。
[0041]
白壳蛋群体由34个白壳蛋鸡个体组成，鸡品种均为白来航品种。
[0042]
褐壳蛋群体由326个褐壳蛋鸡个体组成，鸡品种包括洛岛红鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、藏鸡、隐性白洛克鸡、文昌鸡、宁都黄鸡、文昌鸡等。
[0043]
2、完成步骤1后，分别统计4个snp位点的基因型在白壳蛋群体和褐壳蛋群体中的频率分布。
[0044]
检测结果见图1：snp1在白壳蛋群体的基因型频率分别为tt(0.06)、ct(0.09)和cc(0.85)，在褐壳蛋群体的基因型频率分别为tt(0.88)、ct(0.12)和cc(0.00)；snp2在白壳蛋群体的基因型频率分别为aa(0.06)、ga(0.15)和gg(0.79)，在褐壳蛋群体的基因型频率分别为aa(0.90)、ga(0.10)和gg(0.00)；snp3在白壳蛋群体的基因型频率分别为aa(0.09)、ga(0.12)和gg(0.79)，在褐壳蛋群体的基因型频率分别为aa(0.87)、ga(0.13)和gg(0.00)；snp4在白壳蛋群体的基因型频率分别为gg(0.12)、ag(0.24)和aa(0.65)，在褐壳蛋群体的基因型频率分别为gg(0.96)、ag(0.04)和aa(0.00)。结果表明4个snp位点与白壳蛋性状显著关联。结果表明，步骤一发现的4个snp位点可用于预测或辅助预测鸡蛋壳颜色，具体如下：如果待测鸡个体的基因组中基于snp1位点的基因型为cc纯合型、基于snp2位点的基因型为gg纯合型、基于snp3位点的基因型为gg纯合型和/或基于snp4位点的基因型为aa纯合型，则待测鸡个体的鸡蛋壳颜色为或疑似为白壳；如果待测鸡个体的基因组中基于snp1位点的基因型为tt纯合型、基于snp2位点的基因型为aa纯合型、基于snp3位点的基因型为aa纯合型和/或基于snp4位点的基因型为gg纯合型，则待测鸡个体的鸡蛋壳颜色为或疑似为褐壳。由此可见，基于4个snp位点的基因型可以预测或辅助预测鸡蛋壳颜色。
[0045]
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本技术欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本技术中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。